| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 31 (0.130) | 22/278 | NT | 15.7% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 386403 | 167 (0.690) | pseudogene (697/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376834‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < CP009273/386403‑386256 GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATT > 1:4256398/1‑150 CCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGAT < 1:2796432/150‑1 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATA > 2:1022565/1‑150 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACC < 2:4123626/150‑1 CATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCA < 1:2613270/150‑1 CCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGT < 1:3114924/150‑1 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAA > 2:1273972/1‑150 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAA > 2:3823930/1‑150 TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATA > 2:3236364/1‑150 AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTG > 2:1782736/1‑150 AAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTGGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGAT > 1:4455661/1‑150 ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGT > 2:2790337/1‑150 TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCT > 1:142377/1‑150 TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCT > 2:1671639/1‑150 TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCT > 2:4265410/1‑150 TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGGGTAGGTTTCGTTTTAAGTATTACCTGGAGCTAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTAATTTCT > 1:1753537/1‑150 AAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTA > 1:936172/1‑150 GACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACA < 1:4720812/150‑1 TCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAG < 2:2565814/150‑1 CACTTATTTAAGTGTTATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGA > 2:3053679/1‑150 ATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAAC > 1:3736711/1‑150 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGC > 2:1200132/1‑150 AAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCA > 2:4169510/1‑150 TGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTAGTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACG < 2:1415537/150‑1 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTT < 1:992672/150‑1 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:4681621/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:3664272/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:3664262/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:3663959/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:3324884/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCGGGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTG > 1:3325720/1‑150 CTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCa < 1:149643/150‑2 TAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < 2:3185415/150‑1 GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376834‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < CP009273/386403‑386256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |