| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3904966 | 200 (0.750) | 13 (0.050) | 10/278 | NT | 6.1% | intergenic (‑81/+233) | pstS/glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| ? | CP009273 | 4487998 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AGAGAAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCATTCTGTGACAGAGAAAAAGTAGCCGAAGATGA > CP009273/3904820‑3905113 | agaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGa < 1:432518/150‑1 (MQ=255) agaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGa < 2:1382673/150‑1 (MQ=255) agaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGa > 2:1666189/1‑150 (MQ=255) aaaGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAat < 2:3824308/150‑1 (MQ=255) gCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATg < 2:1353114/150‑1 (MQ=255) aCTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGAc > 2:881334/1‑150 (MQ=255) cGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGtttt < 1:1018958/150‑1 (MQ=255) gATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTa > 1:3887373/1‑150 (MQ=255) gATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTa < 1:1852222/150‑1 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTAt < 1:2959911/150‑1 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTAt < 2:3224322/150‑1 (MQ=255) tAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATg > 1:1917972/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTtagactggccccctgaatctcc < 1:837168‑M1/150‑23 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGa < 1:81790/150‑1 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGa < 2:826242/150‑1 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGa > 2:305738/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGGCGACAACAGTTGCGTCGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACa < 1:3684854/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTtagactggccccctgaatctccag > 1:4010534‑M1/1‑126 (MQ=255) ggTCGCGGCGACAACAGGTGCGACGGTGGTACGAATAACTTTCATAATGTCTCCTGTGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTTACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACa < 1:2878195/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACag < 2:2382893/150‑1 (MQ=255) tataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACaga > 1:1246165‑M1/119‑150 (MQ=255) tataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACaga > 1:2054‑M1/119‑150 (MQ=255) cgcgGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACagag < 2:177027/150‑1 (MQ=255) gcgACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGAt < 2:630112/150‑1 (MQ=255) cgACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATa < 1:2211254/150‑1 (MQ=255) gACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTtagactggccccctgaatctccagacaaccaat > 2:2915366‑M1/1‑117 (MQ=255) gACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATaa < 1:50728/150‑1 (MQ=255) caacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAg > 2:2680289/1‑150 (MQ=255) aGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCtt > 2:4271203/1‑150 (MQ=255) gTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTc < 2:2540137/150‑1 (MQ=255) ttGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCa > 2:4838300/1‑150 (MQ=255) gACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCt < 1:2291550/150‑1 (MQ=255) aCGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGACTATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTg > 2:2299270/1‑150 (MQ=255) 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aTAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGc > 1:3478904/1‑150 (MQ=255) tttCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGa < 1:426229/150‑1 (MQ=255) aTAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATAtt > 1:1499784/1‑150 (MQ=255) tAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTc < 1:4783934/150‑1 (MQ=255) aaTGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCa < 2:4692774/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |