| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1596218 | 780 (1.490) | 508 (0.980) +A |
203/296 | 0.7 | 39.6% | intergenic (‑60/‑95) | FTN78_chr1627/FTN78_chr1628 | Exfoliative toxin A/LysR family transcriptional regulator YeiE |
| ? | CP043523 | 1890321 = | NA (NA) | coding (316/330 nt) | FTN78_chr1939 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 664 total aligned reads displayed.
AGATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1596070‑1596218‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGAAC > CP043523/1890321‑1890470 | AGATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAA > 1:289383/1‑150AGATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAA > 2:3819179/1‑150 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1:2145714/8‑150 aaaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGA < 2:3145396/144‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG < 1:119034/145‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG > 1:1656274/6‑150 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG < 1:838838/145‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG < 1:4527105/145‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG < 1:2512264/145‑1 TAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGG < 1:3226851/150‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGG > 2:2729000/5‑150 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGG < 2:3456405/146‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGG < 2:1875178/146‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGG < 2:1625330/146‑1 AATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGC > 2:1817877/1‑150 AATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGC < 1:3013713/150‑1 aatATACCCGCATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCGGATAGAATATCTTAACGTCTCTGCTTCCAGTGCTTTAGCTGATTTTAACAGTACAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAATCTTGAGGC > 2:4363749/4‑150 aatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGC < 1:2836232/147‑1 aaAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTTAAAACCTTGAGGCG > 1:1327960/3‑150 atATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCG < 1:2805083/148‑1 TAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCGA > 1:576959/1‑150 tATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCCAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGA < 2:732898/149‑1 tATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAACTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGCATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGA > 2:4462414/2‑150 AATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTTAAAACCTTGAGGCGAA > 2:3094233/1‑150 AATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCGAn < 1:1502252/150‑2 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGAA > 2:4394077/1‑150 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGAA < 2:4575180/150‑1 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCGAAC > 2:3307132/1‑150 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCGAAC < 1:1004790/150‑1 | AGATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1596070‑1596218‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGAAC > CP043523/1890321‑1890470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |