| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1596218 | 780 (1.490) | 508 (0.980) +A |
203/296 | 0.7 | 39.6% | intergenic (‑60/‑95) | FTN78_chr1627/FTN78_chr1628 | Exfoliative toxin A/LysR family transcriptional regulator YeiE |
| ? | CP043523 | 1890321 = | NA (NA) | coding (316/330 nt) | FTN78_chr1939 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1297 total aligned reads displayed.
GAGATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAATAATATATAATAGTTGATTTAATTTGTAAAATAAATTATTATAATCATATAAATTAAAAAAAATAATTTGTTATTTTTGTATTTTAGGGAGAAAATCACATGTTTTCATTATTTGAGACCTTTATCGTCGTTTATGAAACTAAAAGTTTTACCT > CP043523/1596069‑1596367 | gagaTTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACAGATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAataata > 2:1149862/1‑150 (MQ=255) agaTTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAa > 2:3818946‑M1/1‑149 (MQ=255) aTTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAata > 1:284601‑M1/1‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |