New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP043523	= 1895788	NA (NA)	604 (1.160)	235/296	0.0	53.6%	intergenic (+17/+38)	FTN78_chr1944/FTN78_chr1945	Mobile element protein/hypothetical protein
	?	CP043523	= 2060261	526 (1.000)					coding (700/1308 nt)	FTN78_chr2133	D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase

GTCGTTCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCTATAAATATAA  >  CP043523/1895638‑1895801                                                                                                                                                       |              gtggTTGGCATCAGGGTTTTTAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTT‑AAATAAGATAAATCACTGGAACAAGAGACTTTAAGATATTATATAGGGTATCAAGTAATGGATAAATAATCAACTAGCAATTCggg               >  2:401521/4‑150 (MQ=1)    gTTCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCGATTCGGGTc             <  1:1729826/150‑1 (MQ=11)    gTTCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc             <  2:1418942/150‑1 (MQ=11)     ttCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt            <  1:2078290/150‑1 (MQ=31)     ttCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt            >  1:4419711/1‑150 (MQ=31)     ttCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt            <  1:3868119/150‑1 (MQ=31)      tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt           <  2:4601859/150‑2 (MQ=14)      tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt           >  1:1548351/1‑149 (MQ=14)      tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt           >  1:916225/1‑149 (MQ=14)      tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt           <  1:4398150/150‑2 (MQ=14)      tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt           <  1:4265385/150‑2 (MQ=14)       cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt          >  1:1231440/1‑148 (MQ=14)       cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt          <  2:3919825/150‑3 (MQ=14)       cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt          >  1:719698/1‑148 (MQ=14)       cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt          >  1:4336210/1‑148 (MQ=14)       cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt          >  1:144917/1‑148 (MQ=14)        gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttta         <  1:3960439/150‑1 (MQ=14)        gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttta         >  1:3507179/1‑150 (MQ=14)         ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat        >  1:4182211/1‑146 (MQ=14)         ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat        <  1:1279751/150‑2 (MQ=14)          ctagaGGTTTTCAGTTGAAAGTAGATATGATGCTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGATCCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt       <  2:4319644/146‑3 (MQ=11)          cTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt       >  1:3106818/1‑145 (MQ=14)          cTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt       <  1:1174422/150‑3 (MQ=14)          cTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatn       <  2:3509491/150‑3 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      >  1:1705180/1‑144 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      >  1:3685422/1‑144 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      <  2:449883/150‑7 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      <  1:3255037/150‑7 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      >  1:3674972/1‑144 (MQ=14)           tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta      >  1:3675963/1‑144 (MQ=14)            cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa     <  2:464453/150‑5 (MQ=14)            cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa     <  2:464538/150‑8 (MQ=14)            cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa     >  2:2947837/1‑146 (MQ=14)            cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa     >  2:2935744/1‑146 (MQ=14)            cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa     >  2:2935516/1‑146 (MQ=14)             aaGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaaa    <  2:3277605/150‑6 (MQ=9)             aaGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaaa    >  2:1446632/1‑145 (MQ=9)               ggTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaaata  >  2:3126082/1‑143 (MQ=9)               ggTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaaata  >  2:1224267/1‑143 (MQ=9)               ggTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaaata  >  1:2226071/1‑143 (MQ=9)                                                                                                                                                       |              GTCGTTCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCTATAAATATAA  >  CP043523/1895638‑1895801

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.