New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP043523 | 838360 = | 548 (1.030) | 295 (0.580) +CACCGAG |
121/280 | 10.0 | 36.1% | intergenic (‑66/+92) | FTN78_chr0888/FTN78_chr0889 | hypothetical protein/General stress protein, Gls24 family |
? | CP043523 | 847992 = | NA (NA) | coding (239/255 nt) | FTN78_chr0898 | Mobile element protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
AAAGTAAAAGACAAAGTAGAAGACAGTACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCCTGATGAACAAAGGCCTCTATTGTGAGGCTTTTTTAGTAAGTTACTTCAATTGTATAGTTTTTTATTTAGATAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP043523/838505‑838360 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCA > CP043523/847992‑848138 ||||||| AAAGTAAAAGACAAAGTAGAAGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCAC > 1:2390758/1‑148 AAGTAAAAGACAAAGTAGAAGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACC > 1:163448/1‑148 AAAGACAAAGTAGAAGACAGTACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCCTGATGAACAAAGGCCTCTATTGTGAGGCTTTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGT < 2:779810/148‑1 AGAAGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAG > 2:1975731/1‑148 GAAGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGG > 2:3870746/1‑148 AGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGACGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTG > 2:2631183/1‑148 AGACAATACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGGTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTG > 2:2530751/1‑148 aTACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGA < 1:2081527/147‑1 ACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATA > 2:257057/1‑148 ATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCT > 1:1440352/1‑148 GAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACT < 2:579052/148‑1 AAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTT < 2:4663381/148‑1 GAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCGTGAGAAATAAATGCCTCTATTATGAGGC‑TTTTTAGTAAGTGAGTTCATTTATATAGTTTTTTATTTAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGG < 2:4482262/148‑1 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TAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTC < 1:304957/148‑1 TAGATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTC < 2:407459/148‑1 GATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTC > 2:4353034/1‑148 ATAGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCT > 2:2973668/1‑148 AGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTT < 2:3721959/148‑1 AGAAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTT < 2:672843/148‑1 AAGCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTT < 1:3071822/148‑1 GCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAA > 1:2729464/1‑148 GCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAA > 2:3173708/1‑148 GCACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAA > 1:173388/1‑148 ACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAAT > 2:1058858/1‑148 ACCGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAAT < 1:1656995/148‑1 CGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTACACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTAATAGGCTTCTACAAAGTTCTTATATTTAAATTCATACTCCCGCTCTCTTTTTAcaggt < 2:2505326/148‑6 CGAGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGT < 2:4582112/148‑1 tGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCC < 1:503636/147‑1 AGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCC > 2:2641852/1‑148 AGTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCC > 2:1715965/1‑148 GTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGGTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCA < 2:3232016/148‑1 ||||||| AAAGTAAAAGACAAAGTAGAAGACAGTACAGATAAAGAAGCTAGAGTTAAATAAATTTCTAGATAAATCCTGATGAACAAAGGCCTCTATTGTGAGGCTTTTTTAGTAAGTTACTTCAATTGTATAGTTTTTTATTTAGATAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP043523/838505‑838360 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTCTTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCA > CP043523/847992‑848138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |