| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1596218 | 550 (1.030) | 436 (0.830) +A |
201/292 | 1.1 | 44.4% | intergenic (‑60/‑95) | FTN78_chr1627/FTN78_chr1628 | Exfoliative toxin A/LysR family transcriptional regulator YeiE |
| ? | CP043523 | 1890321 = | NA (NA) | coding (316/330 nt) | FTN78_chr1939 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 558 total aligned reads displayed.
ATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1596072‑1596218‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGA > CP043523/1890321‑1890468 | ATTCCCTAAGGATATTAAGCCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAA < 1:2664828/148‑1ATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGAGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAA > 1:3453949/1‑148 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2:4520135/1‑148 GAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTT < 2:698006/148‑1 GAATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTT > 1:3593023/1‑148 ATTTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCC > 1:4668066/1‑148 TTTGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAG > 1:1577053/1‑148 TGAATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTG < 2:4228161/148‑1 AATACATCATAAACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTAAATAATTGATTCTATTAATAATAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGAT < 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2:3411118/1‑146 aaaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTT < 2:3460511/142‑1 aaaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTT < 2:3638331/142‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTG < 1:3988874/143‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTG < 2:3706387/143‑1 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTG > 2:1816684/6‑148 aaaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTG < 1:4381828/143‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGA < 1:4532660/144‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGA < 2:2218350/144‑1 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGA > 2:4086045/5‑148 aaatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGA > 1:3519954/5‑148 aatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTGTCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG < 1:2808892/145‑1 aatATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAG > 2:4391796/4‑148 atATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGC > 2:1629555/3‑148 aAATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTTAAAACCTTGAGGC > 2:3296694/2‑148 tATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGC < 2:1867271/147‑1 AATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCG > 1:166107/1‑148 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCG > 1:3136409/1‑148 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCG > 1:2629399/1‑148 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCG > 1:2086086/1‑148 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCG < 2:761397/148‑1 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTTAAAACCTTGAGGCGA < 2:269744/148‑1 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTTAAAACCTTGAGGCGA < 1:1144005/148‑1 ATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGA‑TTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCCTGAGGCGA > 1:4501956/1‑148 | ATTCCCTAAGGATATTAAACCCAAAATTAAGCCACATATCGGGAGGGGAATTTGTTTTAAAAATGATATGAATTTTGAATACATCATAGACTTCTCTTTCTATATTTTTTATTAATTCGTCTTTAATAATTGATTCTATTAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1596072‑1596218‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACCCGATAGAATATCTTAAAGTCTCTGGTTCCAGTGATTTAGCTGATTTTAACAGTAAAGAATACGCTAAAAGTATCATCTCTAATTTCAATTGAAAACCTTGAGGCGA > CP043523/1890321‑1890468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |