New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP043523 | = 1861875 | 2918 (5.980) | 755 (1.540) +TTGTTTGCCTT |
161/248 | 1.9 | 33.9% | coding (25/681 nt) | FTN78_chr1909 | Mobile element protein |
? | CP043523 | 1866284 = | 0 (0.000) | intergenic (‑227/+105) | FTN78_chr1912/FTN78_chr1913 | Mobile element protein/hypothetical protein |
Only 100 of 755 total aligned reads displayed.
GACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1861729‑1861875 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACAAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCATATTT > CP043523/1866284‑1866386 ||||||||||| ACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATT > 1:3124375/1‑148 ACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCCGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATT > 1:2920184/1‑148 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CTTTGATGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTG < 1:4075347/148‑1 TTTGATGTACTCTCGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGT < 2:1838064/148‑1 TTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTT < 2:344307/148‑1 TTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTT > 1:3868452/1‑148 TTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTT > 1:493170/1‑148 TTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTT < 2:1641045/148‑1 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1:2736713/1‑148 GCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTG < 2:2996831/148‑1 GCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTG < 1:2328721/148‑1 CTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGC < 2:3738768/148‑1 CTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCCGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGC < 2:3293642/148‑1 CTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGC > 1:3329525/1‑148 TGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCCGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCC > 2:4256421/1‑148 TGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCC > 1:4296486/1‑148 TGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCC < 1:2115910/148‑1 GTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCT < 2:3632337/148‑1 TACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTT > 2:3791284/1‑148 TACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTT > 1:1932448/1‑148 TACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTT < 1:2621692/148‑1 ACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTT < 1:3442366/148‑1 ACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCCGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTT > 2:527504/1‑148 ACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCAGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTT < 1:1617281/148‑1 ACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGTTTTGTTTGCCTTT > 2:3070298/1‑148 ACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTT < 2:1972172/148‑1 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CTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGA > 2:3119893/1‑148 TTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGAT > 2:1252631/1‑148 TTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGAT < 2:2475779/148‑1 TCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATT > 1:4467822/1‑148 ACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTT > 2:1451600/1‑148 CGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTT < 1:3788383/148‑1 ATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTG > 2:1337152/1‑148 AGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGA > 2:4504556/1‑148 GCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAA > 1:4356783/1‑148 CTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAA < 1:567260/148‑1 ATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGTTTTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTT > 2:3528580/1‑148 ATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTT > 1:935451/1‑148 ATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTT > 1:3097502/1‑148 ATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTT < 1:1002519/148‑1 TTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTG < 2:2378436/148‑1 TAACGCAGATAATAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAA > 2:1224045/1‑148 GGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCACTTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACC > 2:3967899/1‑148 GTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCc > 2:4405828/1‑147 GTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCcttg < 1:4533602/148‑5 AACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCgttagg < 2:2345402/148‑7 AACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCcttgag < 2:897262/148‑7 ||||||||||| GACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1861729‑1861875 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACAAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCATATTT > CP043523/1866284‑1866386 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |