| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP043523 | = 1861875 | 2918 (5.980) | 755 (1.540) +TTGTTTGCCTT |
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| ? | CP043523 | 1866284 = | 0 (0.000) | intergenic (‑227/+105) | FTN78_chr1912/FTN78_chr1913 | Mobile element protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 3857 total aligned reads displayed.
GGACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCGTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGC > CP043523/1861728‑1862018 | aCTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAAtt > 1:3124375‑M1/1‑146 (MQ=255) cTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTTCACGATCATATAACAATTACTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAAttg > 2:2050818‑M1/1‑145 (MQ=255) cTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCCCGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAAttg < 2:244977‑M1/148‑4 (MQ=255) 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aTTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAAcc > 2:4410083/1‑148 (MQ=255) ttGTAACGTAGATAATAACCAACAGCGACAATAATCACATCTTTTTGAAATTGTTTACCTTTAAAATAGTTCATTGATATATCCTCGCTGTCATTTTTATTCATTTTACACTAAAATAGACTTATCAGAAAACTTTGCAACAGAACCa < 1:858128/148‑1 (MQ=255) ttGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCGTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAAccc < 2:1452001/148‑2 (MQ=255) tGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAAcctt < 1:1488627/148‑3 (MQ=255) tGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAAccta > 1:1578858/1‑146 (MQ=255) 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aCAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCACgtagcctgattcactgacta < 2:1352669‑M2/148‑21 (MQ=255) ttGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCACgtagcctgattcactgactaaagcatgacatttacatccataga > 1:2464968‑M2/1‑104 (MQ=255) | GGACTTTGCTGTACTCTTGCACCCAACGATAAATCGTAGTATGACAAACATTTATTCCACGATCATATAACAATTCCTGAACTTCACGATAGCTTAGATTGTAACGCAGGTAGTAACCAACAGCGACAATAATGACGTCTTTTTTGAATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCGTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGC > CP043523/1861728‑1862018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |