| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | 336292 = | 542 (1.020) | 144 (0.280) +CTCGGTG |
60/280 | 25.5 | 21.7% | intergenic (+518/+92) | FTN78_chr0384/FTN78_chr0385 | tRNA‑specific adenosine‑34 deaminase/Mobile element protein |
| ? | CP043523 | 838360 = | 548 (1.030) | intergenic (‑66/+92) | FTN78_chr0888/FTN78_chr0889 | hypothetical protein/General stress protein, Gls24 family | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 553 total aligned reads displayed.
CTACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCAT > CP043523/336145‑336439 | ctACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCtttt > 2:1781446/1‑148 (MQ=255) tACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTc > 1:2821911/1‑148 (MQ=255) tACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTc > 1:2636053/1‑148 (MQ=255) tACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTc 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ttACCTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTaa < 1:4634945/148‑1 (MQ=32) ttACCTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTaa > 2:1127824/1‑148 (MQ=32) cTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGt < 2:376219/148‑1 (MQ=32) ttCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCa < 2:2021279/148‑1 (MQ=32) tCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCAt > 2:4160365/1‑148 (MQ=32) tCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCAt > 1:3174069/1‑148 (MQ=32) | CTACCATATTATCAATCTCATCTTCAGAATATACACAAATTTTTTTTTCATTCTTATATTGAATAACATAAACATATTGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAAACTTTGATGGATTCGTTTTGAATTATAAAAGGCTTCGATGTACCAGAAAATACTCTGATAGGCTTATTCAAAGTTCTTATATTTAAATTGATACACCCACTCTCTTTTTAAATGTCCAT > CP043523/336145‑336439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |