| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | 1861507 = | 4018 (7.560) | 378 (0.990) +GAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCG |
162/212 | 0.2 | 11.6% | coding (393/681 nt) | FTN78_chr1909 | Mobile element protein |
| ? | CP043523 | 1911139 = | NA (NA) | intergenic (‑247/‑58) | FTN78_chr1956/FTN78_chr1957 | UPF0297 protein YrzL/Transposase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4604 total aligned reads displayed.
ATAAAATTTATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAAT > CP043523/1861360‑1861656 | aTAAAATTTATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTc < 2:3505762/148‑1 (MQ=255)aTAAAATTTATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTc < 2:2018679/148‑1 (MQ=255) aaTTTATTCCGTCATTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACaa > 2:3258546/1‑148 (MQ=255) tATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAAGTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGc > 1:4265393/1‑148 (MQ=255) tATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGc > 1:3653365/1‑148 (MQ=255) attgcgtcgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATCAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTACCAGTCACAATTGCt < 2:3684084/144‑1 (MQ=25) agaatttttaaattgtttatcgaattttcttcttgccataataaacctttccacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCt < 2:4536138‑M1/10‑1 (MQ=255) tttaaattgtttatcgaattttcttcttgccataataaacctttccacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGc > 2:923298‑M1/133‑148 (MQ=255) tcgtTTAAAAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCCCAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCtcatgat > 1:3354222/1‑142 (MQ=255) gtTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTc < 2:1118918/148‑1 (MQ=255) gtTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTc > 1:2538823/1‑148 (MQ=255) tttAAAAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCa > 1:4638002/1‑148 (MQ=255) ttAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCAc > 1:3084372/1‑148 (MQ=255) tAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCAcc > 2:1448951/1‑148 (MQ=255) aTAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCaa > 1:4114960/1‑148 (MQ=255) tAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCaaa > 1:986363/1‑148 (MQ=255) aaGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCaaa < 2:4089023/147‑1 (MQ=255) aGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAAc > 1:1558742/1‑148 (MQ=255) 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aTTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCGTTTTTAAGaa > 2:2161032/1‑148 (MQ=255) tGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGc < 2:571980/148‑1 (MQ=255) tGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGc > 2:1625612/1‑148 (MQ=255) tAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCGTTTTTAAGAAAGCAt > 1:1411323/1‑148 (MQ=255) tAAGATACTTCACAGTTCGGTGATCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAATAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATa > 1:542476/1‑148 (MQ=255) 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gCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGcc > 1:3266329/1‑148 (MQ=255) gCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGcc > 1:1466719/1‑148 (MQ=255) tttATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCaa < 2:3421927/148‑1 (MQ=255) ttATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCGTTTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCaa < 2:829173/148‑1 (MQ=255) ttATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAAc > 1:2334300/1‑148 (MQ=255) ttATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAAc < 1:1821338/148‑1 (MQ=255) tCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTc < 2:2913966/148‑1 (MQ=255) cGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTcc < 1:3529294/148‑1 (MQ=255) ttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTccc > 2:4449670‑M1/4‑148 (MQ=255) tCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCtt < 2:463945/148‑1 (MQ=255) cCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCtt > 1:4536138‑M1/2‑148 (MQ=255) cacaATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTa > 2:708465/1‑148 (MQ=255) | ATAAAATTTATTCCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTCG‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAAT > CP043523/1861360‑1861656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |