| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | 1861507 = | 4018 (7.560) | 378 (0.990) +GAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCG |
162/212 | 0.2 | 11.6% | coding (393/681 nt) | FTN78_chr1909 | Mobile element protein |
| ? | CP043523 | 1911139 = | NA (NA) | intergenic (‑247/‑58) | FTN78_chr1956/FTN78_chr1957 | UPF0297 protein YrzL/Transposase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 628 total aligned reads displayed.
TCATTTTATTTACTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGAAAGGTTTATTATGGCAAGAAGAAAATTCGATAAACAATTTAAAAATTCTGCAGTAAAACTCATTCTTGAAGAGGGTTACTCTGTTAAAGAAGTCAGC > CP043523/1910992‑1911283 | tCATTTTATTTACTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTTTTTTTTTTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACttttt > 2:2074321/1‑148 (MQ=255) cATTTTATTTACTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACtttttt > 2:521761/1‑148 (MQ=255) ttttATTTACTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTgg < 1:2840677/148‑1 (MQ=255) ttatttaCTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGaa > 2:4633120/1‑148 (MQ=255) tttaCTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAgg > 1:998973/1‑148 (MQ=255) taCTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGtt > 1:1015754/1‑148 (MQ=255) cTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTtat > 2:922401/1‑148 (MQ=255) cTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTtat < 2:2652224/148‑1 (MQ=255) tGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTtata < 2:864304/148‑1 (MQ=255) aCAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTataat < 1:3572189/148‑1 (MQ=255) gAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATaaa < 2:1621542/148‑1 (MQ=255) aaaTATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAAc < 2:1844928/148‑1 (MQ=255) aaaTATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAAc < 2:4411702/148‑1 (MQ=255) aaTATTACATTAAAAATTTTTTAGATATATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCATTATATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACt < 2:1524610/148‑1 (MQ=38) atCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGa < 1:514240/148‑1 (MQ=255) cccATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGaca < 2:1947274/148‑1 (MQ=255) cATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGAcaca > 2:123587/1‑148 (MQ=255) aaaaaTTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGt > 1:2900540/1‑148 (MQ=255) aaaaTTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGtt < 1:4377628/148‑1 (MQ=255) 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tACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTg > 1:2788628/1‑148 (MQ=255) cATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGa > 1:3770292/1‑148 (MQ=255) aTGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGaa > 1:1457763/1‑148 (MQ=255) aTGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGaa > 2:1794527/1‑148 (MQ=255) aTGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGaa < 2:4040440/148‑1 (MQ=255) 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aCTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGAAAGGTTTATTATGGCAAGAAGAAAATTCGATAAACAATTTAAAAATTCTGCAGTAAAACTCATTCTTGAAGAGGGTTACTCTGTTAAAGAAGTc > 1:1235168/1‑148 (MQ=32) | TCATTTTATTTACTGACAGAAATATCCCATTAAAAATTTCTTAGATACATGTTAATTATACGTTATTTTTTGCTTGAATTCAACCGTTTTCTCCATTAAAGTAAATAAAAGCCTTCTATTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTTGGAAAGGTTATAATAAACTAGACACAAAGTTAAGAGAAATCGTGGAAAGGTTTATTATGGCAAGAAGAAAATTCGATAAACAATTTAAAAATTCTGCAGTAAAACTCATTCTTGAAGAGGGTTACTCTGTTAAAGAAGTCAGC > CP043523/1910992‑1911283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |