| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 3,951,167 | +GCG | coding (36/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3951166 | 10 (0.060) | 133 (0.750) +GGC |
76/176 | 0.7 | 93.2% | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| ? | NC_000913 | 3951167 = | 10 (0.050) | coding (36/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGA‑CGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249 | agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGGGCGC‑‑TGT‑GGg > 1:862998‑M1/1‑92 (MQ=255) gacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgcc < 2:168094‑M1/93‑7 (MQ=255) cacTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccac < 2:2359060‑M1/93‑9 (MQ=255) cTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGG‑‑CGT‑GGggcgccgccg > 1:4101370‑M1/1‑83 (MQ=255) gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccgga < 1:2582171‑M1/93‑13 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaa < 1:2016868‑M1/93‑14 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaa < 1:1862416‑M1/93‑14 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTTGGG‑‑TGT‑GGcgcgccccccgga > 2:818375‑M1/1‑80 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGGGC‑‑CGT‑GGggcggcaccggaat > 1:577319‑M1/1‑79 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaat < 1:1710014‑M1/93‑15 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaat < 1:270892‑M1/93‑15 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaat < 2:2733213‑M1/93‑15 (MQ=255) gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatga < 1:1461103‑M1/93‑17 (MQ=255) gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatga < 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aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgc < 2:4202934‑M1/93‑24 (MQ=255) aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TGT‑GGggcgccaccgggatgaccgccgcc > 2:2808523‑M1/1‑69 (MQ=255) tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccga < 2:1844005‑M1/93‑27 (MQ=255) tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccga < 2:2236422‑M1/93‑27 (MQ=255) tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGggggccccccgcaagaacgacgccga > 1:4650084‑M1/1‑67 (MQ=255) aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgat < 1:850979‑M1/93‑28 (MQ=255) aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgat < 1:2956675‑M1/93‑28 (MQ=255) gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgattt < 1:4442782‑M1/93‑30 (MQ=255) ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttc < 2:2311479‑M1/93‑31 (MQ=255) ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttc < 1:568542‑M1/93‑31 (MQ=255) cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcg < 1:4581764‑M1/93‑32 (MQ=255) tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcgg < 2:2006763‑M1/93‑33 (MQ=255) tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGC‑‑TGT‑GGggcgccccccggaagaccggcgccgcttttcg > 2:3879453‑M1/1‑61 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggt < 1:653542‑M1/93‑34 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggta < 1:2376422‑M1/93‑35 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGCCCTGCGC‑‑TGT‑GG‑GG‑CGGCACCCGGATGACCGA‑CGGCGACTTCggga > 2:3732635/1‑91 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaa < 1:3603841‑M1/93‑36 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaa < 2:2820909‑M1/93‑36 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaa < 1:1285815‑M1/93‑36 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaa < 2:3576927‑M1/93‑36 (MQ=255) gTACCATTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaa < 2:713075‑M1/93‑36 (MQ=255) tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaag < 1:2253934‑M1/93‑37 (MQ=255) tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaag < 1:24522‑M1/93‑37 (MQ=255) tccgTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagc < 2:4324567‑M1/92‑38 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagc < 1:914741‑M1/93‑38 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑CGT‑GGCGCGC‑‑CCCCCGGATGACCCA‑CGCCGGTTTCGGTGAgg > 2:4016092/1‑92 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagcc < 1:3007236‑M1/93‑39 (MQ=255) cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGG‑‑TGTGGG‑GCGC‑‑CACCCGGATGACCGACCCCCGATTTGGGTAGGcc > 2:2635202/1‑93 (MQ=255) cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGG‑‑TGT‑GGCGCGC‑‑CCCCCGGATGAACCA‑CCCCGCTTTCGGTAAACCg > 2:1766926/1‑93 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccga < 1:1617350‑M1/93‑41 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgat < 1:3361877‑M1/93‑42 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgat < 1:3379314‑M1/93‑42 (MQ=255) cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattat < 1:3822688‑M1/93‑45 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatc < 1:2298397‑M1/93‑46 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatc < 2:675469‑M1/93‑46 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatc < 2:4027100‑M1/93‑46 (MQ=255) ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑CGT‑GGggcgcccccgggatgaccgacccccatttcgggaagccgaatatcc > 2:685114‑M1/1‑47 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgc < 2:4047806‑M1/93‑48 (MQ=255) ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcgg < 2:2466285‑M1/93‑50 (MQ=255) caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggt < 2:342621‑M1/93‑51 (MQ=255) accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggtt < 2:575273‑M1/93‑52 (MQ=255) ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttg < 1:2823594‑M1/93‑53 (MQ=255) cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgt < 1:216082‑M1/93‑54 (MQ=255) cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGTTCCTGCGCCTTGG‑GG‑GG‑C‑‑CCCCCGGATGACCCA‑CCCCGCTTTTGGTTAGCCGGTTATCGCCGGtgtgt > 2:121679/1‑92 (MQ=255) cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaacgacgccgatttcggtaagccgattatcgcgggtgtga > 2:4387902‑M1/1‑38 (MQ=255) tCATGGTCGTAATATGGCGGGTTCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaa < 2:1564162‑M1/93‑57 (MQ=255) cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaac < 1:913430‑M1/93‑58 (MQ=255) aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaact < 2:3729962‑M1/93‑59 (MQ=255) tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactc < 2:813042‑M1/93‑60 (MQ=255) tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑CGT‑GGCGCGC‑‑CACCCGGATGACCGA‑CCCCGATTTTGGTAAGGCGATTATTGCGGTTGTGGACtt > 2:4557033/1‑92 (MQ=255) tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgtt < 2:4362260‑M1/93‑63 (MQ=255) tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgtt < 1:605988‑M1/93‑63 (MQ=255) cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttc < 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ggTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgta > 1:3944938‑M1/1‑18 (MQ=255) gTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtac < 2:2098270‑M1/93‑77 (MQ=255) gTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtac < 2:1293473‑M1/93‑77 (MQ=255) tGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtacc < 1:1804770‑M1/93‑78 (MQ=255) tCGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgatcacccaatttgtaccggg < 2:4583986‑M1/93‑81 (MQ=255) cGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtaccgggt < 1:4403856‑M1/93‑82 (MQ=255) cGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtaccgggt < 2:1053976‑M1/93‑82 (MQ=255) cGTGCGC‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtaccgggt < 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c‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactctttcacccaatttgtaccgggtcacgtc < 1:1656004‑M1/93‑88 (MQ=255) c‑‑TGT‑GGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtaccgggtcacgtc < 1:362250‑M1/93‑88 (MQ=255) tgt‑gGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgcactcgttcacccaatttgtaccgggtcacgtcc > 1:1091047‑M1/1‑5 (MQ=255) tgt‑gGcgcgccaccggaatgaccgacgccgatttcggtaagccgattatcgcggttgtgaactcgttcacccaatttgtaccgggtcacgtcc > 2:3518971‑M1/1‑5 (MQ=255) | GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGT‑GG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGA‑CGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |