New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | = 3753641 | 186 (0.720) | 5 (0.020) | 5/512 | 21.2 | 2.6% | coding (627/789 nt) | phnC | phosphonate/organophosphate ester transporter subunit |
? | AP012306 | = 3753759 | 198 (0.800) | coding (509/789 nt) | phnC | phosphonate/organophosphate ester transporter subunit | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCAACGCCTTTTCCTGCTCTTCGGCGTGCGCCGGGCTTAACAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGGTGTCCATCACGATGCGCGCTGATTCTGGGTCCAGCGAGGCGATGGGTTCATCGGCCAGAATCACTTTCGCCTGCTGCATCAGCGCACGGGCAATCGCCACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGAGAGGGTGGAAACGCGCTGATGGGCAAAATGCACCATGCCAACGCGGGTCAGCGCCTGTAACGCGCGCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGC > AP012306/3753355‑3753923 | tCAACGCCTTTTCCTGCTCTTCGGCGTGCGCCGGGCTTAAAAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGt < 1:321780/289‑1 (MQ=255) ttCCTGCTCTTCGGCGTGCGCCGGGCTTAACAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACg > 1:833504/1‑289 (MQ=255) cGGCGTGCGCCGGGCTTAACAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCcgtc > 1:1949903/1‑289 (MQ=255) gCGTGCGCCGGGCTTAACAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCATTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCcgtcg < 2:232083/288‑1 (MQ=255) acaggcgcCGTGCTTAACAGGGTGCGGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGGCAGCTAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCcg < 2:1577630/281‑1 (MQ=255) cgcCGGGCTTAACAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGCCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGCCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGGGTAATCCACCTGATGCAGCGCGACTACCACGGTGATGCCGTCGCTCTgg > 2:562448/1‑289 (MQ=255) ccTTAACGGGGTGGTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGTCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCTTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGTGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGAt < 1:913324/287‑1 (MQ=255) aaacgggTGCTGAGGTCGAACATGCTGGTGAAGGCCAGGGGGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTcgc < 2:413823/285‑1 (MQ=255) aaCAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTcgc < 2:1965880/289‑1 (MQ=255) aCAGGGTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTcgcg < 1:78490/289‑1 (MQ=255) 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gTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCa < 2:1004471/286‑1 (MQ=255) gTGCTGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAggg > 1:582033/1‑289 (MQ=255) tGAGGCTGAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATCGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGgtgt < 1:868135/288‑1 (MQ=255) gAACATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGGTGTCCATCACg > 1:162569/1‑289 (MQ=255) cATGCTGGTTGAGGCCAGCGAAGTACTT‑TCTTGTGCTTTCATTCGTTTTCCTCAATGCTGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGCTGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGTCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCATCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGGTGTCCATCACGATg < 2:1681921/289‑1 (MQ=255) cATGCTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGGTGTCCATCACGATg < 1:682385/289‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGGCGTTCTGGTTGCTGTCGCGCAGGGTTGCCATCACGATgcgc > 2:194856/1‑288 (MQ=255) ggTGAAGGCCAGCGAGGCAATTATCTT‑AGCGTTCATTCGTTTTCCTCAATGATGGGGATGTCAGGCAGCTTTCGCGTTCTCTTCGACGCGGTTAATGCTGCGGTAGAGATGGTCAAAACGTTCGTTATCAAACTGTTGGCTGCTGCCGTCGTAGAAGACGTGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTCGCAGTAGCGCAGGGCGTAATCCACCTGATGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTTGATGTCGCGCAGGGTGTCCATCACGATgcgcgc < 1:1194496/288‑1 (MQ=255) gagtgCGAGGAAATTGCCTT‑AAGGTGCATTTGTTTTGCTCAATGATGAGGGTGTCAGGTCGCTTTCGGGTTGTACTGGACGCGGTTCATGCGGAGGGAGAGATAGTCAAAACGTTCGCTATCAAGCTGTTGGCTGCGGCCGTCGTAGAAGACGGGCCCCTGGCGCAGGGCGACGATGCGTTGGCAGTAGGGCAGGGGGTAAGCCCCCTGGTGCAGCGTGACGACCACGGTGATGCCGTCGTTCTGGTGGATGTCGCGCAGGGTGACCATCACGATGCGCGCTGAttgt < 2:1276912/284‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |