New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 284 (0.510) | 79/274 | 2.2 | 100% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
ATCGTCGCGCTGATCCCGGAAGAGCTGGTGCCTGCCGTACAGCAAGCTGTCGCTGAACAATATGAAGCAAAAACAGGTATTAAAGAGACTTTTTACGTTTGTAAACCATCACAAGGAGCAGGACAGTGCTGACAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCG > NZ_CP025268/3744423‑3744695 | ttctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGc > 2:4217688‑M2/134‑140 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 1:5729317‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 2:4105585‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 2:5436658‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 2:735253‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 1:7927419‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 2:1005639‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttttttcccatcacttctttccccattgtgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 1:903252‑M2/8‑1 (MQ=255) tctctttatttcccatcacttctttccccattgtgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGcc < 1:8447114‑M2/8‑1 (MQ=255) ctcattttttcccatcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatgggagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCt < 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tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:9131906‑M2/23‑1 (MQ=255) tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:3617737‑M2/23‑1 (MQ=255) tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:7998041‑M2/23‑1 (MQ=255) tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 2:2698330‑M2/23‑1 (MQ=255) tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 1:4734193‑M2/23‑1 (MQ=255) tcacttctttccccattttgtcgcgtcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAt < 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1:8176236‑M2/93‑140 (MQ=255) tcctgatggtagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataagttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGc > 2:6930849‑M2/93‑140 (MQ=255) tagcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGaaa > 2:1320898‑M2/84‑140 (MQ=255) agcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatgtttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAAt > 1:1937130‑M2/83‑140 (MQ=255) gcgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAAtt > 2:7251553‑M2/82‑140 (MQ=255) cgcaaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAAttt > 2:7302824‑M2/81‑140 (MQ=255) caaagtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGTAATTTTa > 2:1231958‑M2/79‑140 (MQ=255) agtgtgccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGc > 1:8964012‑M2/76‑140 (MQ=255) ccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaaaaa > 1:8853620‑M2/70‑140 (MQ=255) ccgtagttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaaaaa > 2:2949488‑M2/70‑140 (MQ=255) agttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCg > 1:9329138‑M2/66‑140 (MQ=255) agttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCg < 1:3362665‑M2/75‑1 (MQ=255) ttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGAt > 1:214319‑M2/64‑140 (MQ=255) ttcacgatctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGAt > 2:2019780‑M2/64‑140 (MQ=255) acgatctcgacagataatttataaccaattgatttatatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCaa < 1:4400925‑M2/80‑1 (MQ=255) gatctcgacagataatttataacccattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCaaaa > 1:1567503‑M2/59‑140 (MQ=255) atctcgacagataatttataaccaattgatttttatgtcttttgaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCaaaaa < 2:3825973‑M2/83‑1 (MQ=255) 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1:5533571‑M2/117‑1 (MQ=255) atgtcttttgaaattcatcaatcAGAGTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAg < 2:6430183‑M2/117‑1 (MQ=255) atgtcattagaaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAg < 2:1882346‑M2/117‑1 (MQ=255) atattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCTCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGACAGTGACATTTGAGCAGTTAAAag < 2:4531684‑M2/127‑1 (MQ=255) aaattcatcaatcATATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAATGTGACATTTGAGCAGTTAAAag < 1:7621720‑M2/127‑1 (MQ=255) aaattcatcaatcAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAag < 2:156793‑M2/127‑1 (MQ=255) 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1:6460397‑M2/138‑1 (MQ=255) aGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCg < 1:4987907/140‑1 (MQ=255) aGATTGCCTTGTAAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAACTTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCg < 2:6259885/140‑1 (MQ=255) | ATCGTCGCGCTGATCCCGGAAGAGCTGGTGCCTGCCGTACAGCAAGCTGTCGCTGAACAATATGAAGCAAAAACAGGTATTAAAGAGACTTTTTACGTTTGTAAACCATCACAAGGAGCAGGACAGTGCTGACAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCG > NZ_CP025268/3744423‑3744695 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |