| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 296 (0.440) | 100/272 | 1.6 | 99.8% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 1 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑A‑C‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP025268/3743186‑3743324‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATC > NZ_CP025268/3744556‑3744694 TTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGC > 1:1449159/1‑140 TCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCC < 2:6585348/140‑1 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AGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAAT > 2:3609330/1‑140 AGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGACTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAAT > 2:3570920/1‑140 GCGCAAAGAGTGCCGTAGTTCACGATATCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAAACAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCTATATATTTGAAATCAATTTTCGCATATTGAAATT > 2:512829/1‑140 CGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTT > 1:4724101/1‑140 CGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATAAATCAGATTGCATTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCTCATAATGAAATTa > 1:8144729/1‑139 CAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTA < 1:9186720/140‑1 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A‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGT < 1:2195180/140‑1 A‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGACAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGg > 2:7188389/1‑139 A‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGAT > 2:5679038/1‑56 TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTG > 2:1037914/1‑140 TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTG > 1:3551299/1‑140 TTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTT > 2:6514361/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |