| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 296 (0.440) | 100/272 | 1.6 | 99.8% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 1 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑A‑C‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCCA > NZ_CP025268/3743186‑3743463 | ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:1449159‑M1/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:6585348‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:3227213‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:1158078‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:11255675‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:572137‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:11496753‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTGCCCATCACGTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATGTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:10925999‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTGTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:6411365‑M1/140‑9 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGTCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct > 2:7024789‑M1/1‑131 (MQ=255) ctctGTTTTTCCCATCTCTACTTTCCCCATTTTGTCGCTTCCTGATGGTAGCGCATAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTATTTTGAAATTCATCAATCagattgcct < 2:11010728‑M1/140‑10 (MQ=255) ttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaa < 2:4874085‑M1/140‑18 (MQ=255) cATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGAGGGTATCGCAAAGTGTGCCGTATTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtg < 2:10509425‑M1/140‑22 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:11313779‑M1/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc > 1:6519572‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:6665859‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:8897558‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgataaaaagtgat < 2:11503973‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑A‑CAAA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:596773‑M1/140‑24 (MQ=255) 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tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:3773630‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGAAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AC‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttctc > 2:1139809‑M1/1‑92 (MQ=255) ccTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgca > 1:2068939‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:3609330‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgacttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:3570920‑M1/1‑82 (MQ=255) 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cAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatttta < 1:5092395‑M1/140‑63 (MQ=255) gtgtGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagcc > 1:10553340‑M1/1‑74 (MQ=255) tgtgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcga > 1:7798981‑M1/1‑73 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑ACC‑C‑AA‑TTGATTTTTATGTCGTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaa > 2:1217387‑M1/1‑71 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaa > 1:373775‑M1/1‑71 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑A‑ACC‑AA‑TTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgaatattgaaattttaagccaaa > 2:8357223‑M1/1‑71 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |