| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 143 (0.480) | 55/272 | 1.9 | 100% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743188‑3743462 | tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTGGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATCGATTTTTATGTCTTTGGAAATTCATCAATCag > 2:3495727‑M1/1‑138 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 2:375154‑M1/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGACATTCATCAATCagattgcc < 2:306434‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:3886608‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:273409‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:2569460‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:420743‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:1688417‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:3732944‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTGTTTCCCCTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTTGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCTTTTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:1204587‑M1/140‑9 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgt > 2:1315024‑M1/1‑128 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaa < 2:1016475‑M1/140‑17 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:3832048‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:4046337‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:2112725‑M1/140‑24 (MQ=255) 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tttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatg > 1:2694878‑M1/1‑101 (MQ=255) ttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatca > 2:4942961‑M1/1‑100 (MQ=255) gTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgtgaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaag > 1:2453829‑M1/1‑98 (MQ=255) cgcgTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtt > 1:2351203‑M1/1‑96 (MQ=255) cgcgTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtt < 2:2187975‑M1/140‑45 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:4344292‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGGCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaagcaagtttctc > 2:4714981‑M1/1‑92 (MQ=255) aTGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatatt > 1:37497‑M1/1‑87 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaa > 1:563890‑M1/1‑83 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATGTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtggtcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:1094931‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgtcttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:1567510‑M1/1‑82 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 1:4215665‑M1/1‑81 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 1:3192332‑M1/1‑81 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 2:3083021‑M1/1‑81 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 1:1642672‑M1/1‑81 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattt > 1:1457406‑M1/1‑80 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattt > 1:858152‑M1/1‑80 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2365037‑M1/88‑9 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc > 1:2365037‑M1/1‑80 (MQ=255) ccaagtGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgctgtatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatttta < 1:4537782‑M1/138‑63 (MQ=255) tgtgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagcca > 2:431082‑M1/1‑73 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaa > 1:1003319‑M1/1‑71 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAT‑AACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaa > 1:1003321‑M1/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |