| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 704944 = | NA (NA) | 1179 (0.980) | 219/296 | 2.1 | NA | coding (127/261 nt) | llmg_0720 | conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 796737 | NA (NA) | intergenic (+88/‑293) | llmg_0823/ps333 | putative transposase helper protein for IS712D/terminase small subunit | |||||
Only 100 of 1179 total aligned reads displayed.
ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 TATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTG > 1:26179/1‑149 TATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTG < 1:2432440/149‑1 ATCCGCAGCTCTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGT < 2:4318001/149‑1 ATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAATATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGT > 2:8284782/1‑149 GCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAG > 2:4684130/1‑149 CAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGG < 1:9882967/149‑1 AGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGG > 1:3336148/1‑149 AGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGG > 1:130196/1‑149 GCACTCACTTCTTTTGCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGC < 1:8943568/149‑1 CACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCC < 1:3569563/149‑1 CACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCC > 1:8843841/1‑149 ACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGCGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTA > 1:8330564/1‑149 TCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAA > 2:10443263/1‑149 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2:2453493/1‑149 CGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTG > 1:8150201/1‑149 CGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTG > 2:3930916/1‑149 CGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTG > 1:3431575/1‑149 AATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGGCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGG > 2:73535/1‑149 AATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGG > 1:4947886/1‑149 AATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGG < 1:6547969/149‑1 ATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAAGCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGT > 1:6375051/1‑149 TCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGA > 1:4003515/1‑149 CAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAA > 2:2313927/1‑149 TACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAAT > 1:1010103/1‑149 ACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATG > 1:4797434/1‑149 CTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGT < 1:958541/149‑1 TTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGA < 2:6207004/149‑1 TTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTATAGCCAGTTGGCTTCTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGA < 1:7545328/149‑1 TTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTTATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAA < 1:5371561/149‑1 TTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAA > 1:722729/1‑149 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AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |