| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 1333548 = | NA (NA) | 144 (0.130) | 61/270 | 14.5 | 15.8% | intergenic (‑831/+481) | llmg_1358/llmg_1359 | conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1380520 | 841 (0.700) | intergenic (‑457/+79) | llmg_1411/guaC | hypothetical protein/GMP reductase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATaatcttatttata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1333695‑1333548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATCTTATTTATACCTAGAATATGC‑AAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < AM406671/1380520‑1380360 TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATA < 2:168459/149‑1 AATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAA < 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2:568103/1‑149 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA > 1:6000380/1‑149 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA < 2:1104364/149‑1 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA > 2:8114045/1‑149 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAAACGTGGGAATATAATCTTATTTA > 1:2354406/1‑149 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAAAATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTTGATTTTATTACTGAAAGTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA < 1:8803353/149‑1 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1:9362473/1‑149 ATACCTAGAATATGC‑AAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATC > 2:5141399/1‑149 ACCTAGAATATGC‑AAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < 1:8656542/149‑1 ACCTAGAATATGC‑AAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < 1:998779/149‑1 TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATaatcttatttata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1333695‑1333548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATCTTATTTATACCTAGAATATGC‑AAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < AM406671/1380520‑1380360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |