| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2087450 | NA (NA) | 1552 (1.290) | 284/296 | 0.0 | 94.8% | intergenic (‑89/+270) | tnp905/ps440 | pseudogene/phage terminase small subunit |
| ? | AM406671 | 2090426 = | 85 (0.070) | coding (38/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1552 total aligned reads displayed.
TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 ttATCTATATTTTGTTTTTGGGCTAGTAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAATCTGAGTCATAGGATTATATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 2:6848302/147‑1TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCT < 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CAATATCTTGCTTTTGGTCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAAT < 2:5308090/149‑1 CAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAAT < 1:1902908/149‑1 TATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCG > 2:551635/1‑149 ATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGA < 2:6003132/149‑1 TCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGAT < 1:9551813/149‑1 TTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATAT < 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AGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAA < 1:7874988/149‑1 TAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAAC > 2:7371673/1‑149 tTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACAT < 2:6341872/148‑1 GTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACAT < 2:3589561/149‑1 TTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATT < 2:2082034/149‑1 CTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTTCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTACCTTTTTATATCTATTAAACATTCT > 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ATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAAT < 2:5120974/149‑1 AATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTTTTTTTTTTCAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACTTCAACTTTCTTAAATTCa > 2:1929347/1‑148 ATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCA < 2:4262243/149‑1 ATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCA > 1:8925186/1‑149 CTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACT > 1:1168027/1‑149 TCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTA < 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TGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAA < 1:5346627/149‑1 TTACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATC < 2:6705143/149‑1 TACACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCTAAATATCT < 2:2482959/149‑1 CACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCA < 2:3053579/149‑1 ACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAA < 2:9200570/149‑1 ACAACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAA > 1:7183425/1‑149 ACTTATTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGC < 2:4653659/149‑1 TTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTT > 2:7236344/1‑149 TTTTACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTT < 1:2088614/149‑1 TACACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGA > 1:3666709/1‑149 cCTACCTTAATTCAATATTCTAACTTGTTCTATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAACAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAG < 2:7043454/148‑1 ACTACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAACTTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAG < 2:2713256/149‑1 TACCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTCCTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTA > 1:9408104/1‑149 CCTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACA < 1:1017937/149‑1 CTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCATAGCATCTTCGACAGTACAT > 2:2939056/1‑149 CTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT < 2:497932/149‑1 TCATCAATATCTTGCTTTTGGGCTAGGAAGTTAAGTAGTTCTGTGGTAAACTGAGTCATAGGAATAAATCTCTTTCTAGTAATGTTTCGCAACTCTACTATAACGGATTTATTCCTTTTTGTGTTTACACAACTTATTTTACACTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2087303‑2087450‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACAT > AM406671/2090426‑2090573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |