| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2087450 | NA (NA) | 1552 (1.290) | 284/296 | 0.0 | 94.8% | intergenic (‑89/+270) | tnp905/ps440 | pseudogene/phage terminase small subunit |
| ? | AM406671 | 2090426 = | 85 (0.070) | coding (38/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 2930 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |