| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2143826 | 1096 (0.950) | 197 (0.170) +TTTTTTTTT |
62/266 | 14.2 | 15.5% | pseudogene (144/675 nt) | tnp1077 | pseudogene |
| ? | AM406671 | 2143827 = | 1140 (0.940) | pseudogene (143/675 nt) | tnp1077 | pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
AAAAGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2143679‑2143826‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATG > AM406671/2143827‑2143970 ||||||||| AAAAGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAAT < 1:6454914/149‑1AAAAGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAAT < 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1:5018243/1‑149 agtgatAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTT < 1:8156028/143‑1 AGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTT > 2:7663888/1‑149 AGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTT > 2:3080831/1‑149 AGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTT < 1:4058400/149‑1 AGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTT > 1:4322156/1‑149 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TTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGTTTCTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAGCTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTCGCTTTCGCATTAAACGTTGAAATTTTT > 2:9497187/1‑149 TGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTACTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATt > 2:1890037/1‑148 AACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTCTTTTTTTTTCTAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGACCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGT > 2:5844069/1‑149 CAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATCTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCTCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTA > 2:6048146/1‑149 GAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATTTTTAACATTATA > 2:7440175/1‑149 AACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACATAGTCCTAGCTTTCGCATTATACGTTGAATTTTTTTATGTTTAACAATATATCCTTCc > 2:952513/1‑148 AACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACTAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATTTTTAACAATATATCCTTCA > 2:360484/1‑149 CGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTACTCTGTAGGAACTATACTTTCTTTTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAATTTTTTTTTGGTTAACATTATTTCCTTCACG > 2:9919925/1‑149 GTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGC > 2:8847368/1‑149 TTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAATGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTTACGCTTTAA > 2:8332269/1‑149 TTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACTCTTTAA > 2:2050552/1‑149 TTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAA > 2:3445423/1‑149 AATAAATTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAG > 2:3411362/1‑149 ATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTTGCTTTCGCATTATACGTTTAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACTCTTTAAAAGT > 2:5371702/1‑149 AAATTTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCTTTTATCGTTGATCTTTTTTATGGTTAACAATATATTCTTCACGCTTTAAATGTTt > 2:8449784/1‑148 TTTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAGAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCTTTATTCGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTAC > 2:7210414/1‑149 TTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACC > 2:4730803/1‑149 TTTTTTTTTTTTTTTCAACTTTTACTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTTGCATTATATGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACC > 2:1691081/1‑149 TTTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTATCTTTTGCATTAAATTTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTATAAGTTCTACC > 2:4509061/1‑149 TTTTTTTTTTTTTCCAACTTTTCATCGGTAGGAACTATATTTTCTTGTTTTGCTCTAAAAAGAAGTAATACAAAGTCTTAGCTTTCTCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCTTTCACGCTTTAAAAGTTATACCA > 2:1123499/1‑149 ||||||||| AAAAGAGACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2143679‑2143826‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATG > AM406671/2143827‑2143970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |