| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | AM406671 | = 2143826 | 1096 (0.950) | 197 (0.170) +TTTTTTTTT |
62/266 | 14.2 | 15.5% | pseudogene (144/675 nt) | tnp1077 | pseudogene |
| ? | AM406671 | 2143827 = | 1140 (0.940) | pseudogene (143/675 nt) | tnp1077 | pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1141 total aligned reads displayed.
ACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGC > AM406671/2143686‑2143974 | ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGCATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct < 2:5315950/149‑1 (MQ=17) ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct > 1:5592867/1‑149 (MQ=32) tCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACt < 2:1372337/149‑1 (MQ=39) tCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACt < 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aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt > 1:7998089/1‑149 (MQ=255) gggTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCg < 1:8130969/149‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTATACTCAGCAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATCAATTGTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCgt < 2:7040866/149‑1 (MQ=255) ttGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCgtgt < 1:8717418/149‑1 (MQ=255) tGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGtt < 2:5613009/149‑1 (MQ=255) 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aaTTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATgggg > 2:3584005/1‑149 (MQ=38) | ACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGC > AM406671/2143686‑2143974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |