New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | = 2220751 | 1285 (1.070) | 15 (0.010) +AAGAAAAA |
12/278 | 27.1 | 1.2% | intergenic (+105/‑796) | ps507/ps506 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
? | AM406671 | 2220770 = | 1282 (1.060) | intergenic (+124/‑777) | ps507/ps506 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica/hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2220604‑2220751 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCTACT > AM406671/2220770‑2220917 |||||||| GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 1:9827231/149‑1 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA > 2:10060915/1‑149 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA > 1:2012138/1‑149 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA > 2:10233167/1‑149 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 2:2555629/149‑1 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 2:6512555/149‑1 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 2:3941232/149‑1 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 2:6005256/149‑1 GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAA < 2:4250896/149‑1 GGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGAAAAAAAAAAAA < 2:10341463/149‑1 GATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGAAAAAAAAAAAAAAAA < 2:8144025/149‑1 ATGTTGATTATTTTTATATACCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACAAATAACATCAAAACGCTGATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAAATGAGATGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAG < 2:980844/149‑1 aGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTACGTTGCTGTATGAGCTATGATGGTTTGAGTTAGTGGGATAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGA < 2:4120799/148‑1 TTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAAAGAAAAGAAAAAAGAAg < 2:484634/149‑2 TGATTATTATTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTACTTAGACAACTACGGATAACATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGATGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAAAAAAAAGAAAAAAGAAga < 2:8023392/149‑3 TTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTATAAGACATAAAAGACTATAAAAAAAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGATGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAa < 2:4861853/149‑2 TTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACAACATAGACTTCTACGGCAAACATAACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGAATAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAaaagaa < 2:7003266/149‑7 actgaTACGGCTATCATCAGAACGCTTAGGACGAGGGTCGGGCGTTGCTGGATGAGCTGTGCTGGGTTGAGTTGGTGGGGTAAAGTAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATAT < 2:8170009/144‑1 CTATCATCATAACGGAAATGACGAGGCTCGTGCGTTGATGTAAGAGCTGAGATGGTTTGAGTTGTTGGGGTAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTACTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGT < 2:6478983/149‑1 gcatattGCTTATGACGTGGGTCGTGCGTTGCTGGAGGCTCTGGGGTTGTTTGAGCTTGTGGGGTAAAGTAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATA < 2:8277801/142‑1 ctgATGACGAGGCTCGTGCGTTGATGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGGTAAAGTAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTG < 2:7665957/146‑1 GCTAGTGCAATGCTGTATGATGTGTGCTGATTTGAGTAGGTAGAGTAAAAAAAAGAGAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGGCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGG < 2:5731308/149‑1 GTTTGAGGTGGTGGAGTAAAGTAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTGTGGATGA < 2:10140169/149‑1 aaaaagaAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAA < 2:4082108/142‑1 aaaaaAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAACAAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAAATATAAGAAATATAATTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAAGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGTATGAATTAAAAAAAGAACAAA < 2:3337346/144‑1 agaAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAAGAAATAAACTTTTAAGTATAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGAAAAAAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAAAAAAAAAA < 2:6244638/146‑1 agaAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAATTAAAAAGTTTGTTATATTAAAAGATATAGGAGATATACTTTTAAGTCTAATAGGATTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAA < 2:1448652/146‑1 aaaAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAAATATATAAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAA < 2:8268404/146‑1 AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGTTAAAAAGTTTGTTGTATAACAAACAATAGGAGATATTCTTTTAAGTATAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTGTGGATGAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATC < 2:6977343/149‑1 AAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCT < 2:5649434/149‑1 AAAAAAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTAAAACAAGAAAAAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAAGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTGTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCT < 2:4872810/149‑1 AAAAAAAAAAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTAGAATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCTAC < 2:7815678/149‑1 AAAAAAAAAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTTCAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGCCTAATAGGTTTCTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCTACT < 2:5826747/149‑1 |||||||| GATTAATAAGGTCGATGTTGATTATTTTTATATGCCATTTTAATTAAATGATACTTCTTAGACTTCTACGGCTATCATCACAACGCTTATGACGAGGCTCGTGCGTTGCTGTATGAGCTGTGCTGGTTTGAGTTGGTGGGATAAAGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AM406671/2220604‑2220751 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGAAAAAACCAGTTAAAAAGTTTGTTGTATTACAAGCTATAGGAGATATTCTTTTAAGTCTAATAGGTTTTTGAAAAACCAAGGAGATAAAATATGAAAAATATTTTGGATGAATTAAAAAAAGAACAAAAAAGAAATCTACT > AM406671/2220770‑2220917 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |