| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 704944 = | NA (NA) | 1012 (0.910) | 209/296 | 2.6 | NA | coding (127/261 nt) | llmg_0720 | conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 796737 | NA (NA) | intergenic (+88/‑293) | llmg_0823/ps333 | putative transposase helper protein for IS712D/terminase small subunit | |||||
Only 100 of 1012 total aligned reads displayed.
ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGT > 2:4384407/1‑149 TATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTG < 1:9203082/149‑1 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1:7988342/1‑149 TCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATC > 1:1101491/1‑149 CACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTTAGTTTTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCT > 2:9527119/1‑149 TCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAA > 1:1683688/1‑149 TCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAA > 2:1009566/1‑149 TTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATG < 2:6275045/149‑1 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2:2380957/149‑1 GGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTT < 2:8007970/149‑1 GGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTT < 1:5754841/149‑1 GCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTT > 1:6412548/1‑149 CGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTG < 1:3849179/149‑1 AATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCT‑AAAATGTTGGTTTTGGGT > 2:2036192/1‑149 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2:4969242/1‑149 TCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGA < 2:8654940/149‑1 TCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCGTCCTTAACTTTAGCAAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAACATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGTGGCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGA > 2:5636388/1‑149 CAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAA > 1:334721/1‑149 AATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAA > 1:5258685/1‑149 AATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAA > 1:5027671/1‑149 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1:4384407/149‑1 GATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCA > 1:5585044/1‑149 TTAGAGTAGAGTGTCGAGGGCCATCTAAAAATGTGGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTGTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTC < 1:4892443/149‑1 TTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTC < 2:690757/149‑1 AGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATA > 1:3607507/1‑149 AGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATA > 1:9347316/1‑149 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AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |