| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 1333548 = | NA (NA) | 117 (0.120) | 38/270 | 18.7 | 13.3% | intergenic (‑831/+481) | llmg_1358/llmg_1359 | conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 1380520 | 839 (0.760) | intergenic (‑457/+79) | llmg_1411/guaC | hypothetical protein/GMP reductase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATaatcttatttata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1333695‑1333548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < AM406671/1380520‑1380360 TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTTTTTTTTTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTATTTAAACCGTTGGAATATA > 2:9233081/1‑149TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATA < 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ATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAATTTTTTCGATTTTATTATTGAAATTTCTATGTAATTTTTATATAATATTATTTTACATGTTAATATAACTGTGGGAATATAATATTATTT > 2:1281468/1‑149 ATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTT < 1:6693913/149‑1 ATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTT > 1:7442319/1‑149 ATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTT < 1:812659/149‑1 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTCCTGAAATGTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA > 2:3191846/1‑149 TAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATAATCTTATTTA > 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2:8720149/149‑1 AATATAATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAA > 1:8393675/1‑149 AATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGG < 2:2542789/149‑1 AATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGG < 1:9499344/149‑1 AATCTTATTTATACCTAAAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAATTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGG < 2:7513514/149‑1 ATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGA < 1:6221369/149‑1 ATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGA < 2:8981325/149‑1 ATCTTATTTAGACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACTGTATTTTAAACTCATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATCGATAGAAATTATATTTCTATCCATTTTTGTGTATTTTGATGCACGTAATAAGAATTGGA < 2:2005989/149‑1 tcgTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGAT < 2:3709408/146‑1 TCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGAT < 2:649581/149‑1 CTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATA > 1:7698466/1‑149 TTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATAT < 1:4263172/149‑1 TTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATAT < 1:2881069/149‑1 TTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATAT > 2:2295232/1‑149 TTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATAT < 1:5738841/149‑1 TTATTTATACATAAAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATAT < 2:8318364/149‑1 TATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATA < 2:1756175/149‑1 TTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTGTATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATCGAAATTAAATTTCTATCAATATTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAga > 2:6952992/1‑147 ATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATC > 1:6562355/1‑149 ATACCTAGAATATGAAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATC < 2:6173258/149‑1 ACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT > 1:5057233/1‑149 ACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATAAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTAGACATTTTTTTGTATTTTTATACAAGAAATAAAAAATGGATATAAAATCAT > 2:5353884/1‑149 TAATTATACATAAAGTGGGGATATAAGTCAAACATGAAGAGCCGAACATTCGGCTCTTTTTTTCTTAAATTGTTCGATTTTATTACTGAAATTTCTATGAAATTTTGATATAATACTATTTCACAGGTTAATAAAACCGTGGGAATATaatcttatttata‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/1333695‑1333548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATCTTATTTATACCTAGAATATGCAAAAAAAGCGTAATAACGGTATTTTAAACACATTTATATTTTCAGAAGTACAACTATATCAAAATGGATAGAAATTAAATTTCTATCCATTTTTTTGTATTTTTATACACGAAATAAAAATTGGATATAAAATCAT < AM406671/1380520‑1380360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |