| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2143826 | 1063 (1.000) | 172 (0.170) +TTTTTTTTT |
45/266 | 17.1 | 14.2% | pseudogene (144/675 nt) | tnp1077 | pseudogene |
| ? | AM406671 | 2143827 = | 1104 (0.990) | pseudogene (143/675 nt) | tnp1077 | pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1106 total aligned reads displayed.
GACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGC > AM406671/2143685‑2143974 | ctgcACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACt < 2:1060155/146‑1 (MQ=1) aTTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctc > 2:3993547/1‑149 (MQ=31) ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct < 2:3395325/149‑1 (MQ=32) aaaCAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGt > 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ccATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACta < 1:1998666/149‑1 (MQ=40) cATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACtat < 1:9248329/149‑1 (MQ=40) tataAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATAc < 2:8820090/149‑1 (MQ=255) taAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACtt < 2:808299/149‑1 (MQ=255) taAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACtt > 1:3474379/1‑149 (MQ=255) taAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTACTTAAACTCAGTAGTATCAGTGACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACCATACtt < 2:4703668/149‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt > 2:1314419/1‑149 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt < 2:7579017/149‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt < 1:6894123/149‑1 (MQ=255) gggTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCg > 1:5078831/1‑149 (MQ=255) 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cATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACATTAATGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACaa < 2:6135571/149‑1 (MQ=255) aTTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTAAAAAAAAAAAGAAGTAATACaaa < 2:1914758/149‑1 (MQ=17) aTCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTTTTTGTTTTTTTGGGAATTAAAAGGTCTATTTAACAAATTTTTTGCGCCTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAGAAAGAAGTAATACAAAgac > 2:6930515/1‑147 (MQ=17) aTCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTc < 1:2725384/149‑1 (MQ=255) tCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTcc > 2:1558665/1‑149 (MQ=255) 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cGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAg < 1:3255065/149‑1 (MQ=255) cTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTc > 1:8453754/1‑149 (MQ=255) cTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTc < 1:6065384/149‑1 (MQ=255) cTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTc > 1:4257923/1‑149 (MQ=255) tATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCt > 1:8179241/1‑149 (MQ=255) ttAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTAcc > 1:715228/1‑149 (MQ=255) taataaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCa > 2:7731447/1‑149 (MQ=255) taataaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCa > 2:3090880/1‑149 (MQ=255) ataaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTAAAAAAACAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATg < 2:588413/149‑1 (MQ=14) taaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTGAAAAGTTCTACCATgg > 1:6473402/1‑149 (MQ=255) aaTTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATgggg < 1:7535328/149‑1 (MQ=38) | GACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGC > AM406671/2143685‑2143974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |