| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 2143826 | 1063 (1.000) | 172 (0.170) +TTTTTTTTT |
45/266 | 17.1 | 14.2% | pseudogene (144/675 nt) | tnp1077 | pseudogene |
| ? | AM406671 | 2143827 = | 1104 (0.990) | pseudogene (143/675 nt) | tnp1077 | pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1111 total aligned reads displayed.
GACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGCG > AM406671/2143685‑2143975 | ctgcACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACt < 2:1060155/146‑1 (MQ=1) gATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCct < 2:396782/149‑1 (MQ=11) ttAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCctct < 2:3395325/149‑1 (MQ=32) aaaCAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGt > 1:6316024/1‑149 (MQ=33) aaCAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATTACCAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTGCCTCTGTa > 2:9517047/1‑149 (MQ=255) aaCAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTa < 1:1295249/149‑1 (MQ=34) aCAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAg > 1:4623440/1‑149 (MQ=35) aGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGa < 1:5050502/149‑1 (MQ=37) tCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACt < 1:5853854/149‑1 (MQ=39) tCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACt < 1:7506888/149‑1 (MQ=39) ataAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACt > 1:4256959/1‑149 (MQ=255) ataAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACt > 2:7922655/1‑149 (MQ=255) taAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTACTTAAACTCAGTAGTATCAGTGACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACCATACtt < 2:4703668/149‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt > 2:1314419/1‑149 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt < 1:6894123/149‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACttt < 2:7579017/149‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCgt > 2:5534837/1‑149 (MQ=255) ggTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCgt < 1:1133601/149‑1 (MQ=255) gTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCgtg > 2:884548/1‑149 (MQ=255) 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aaGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTtcctc < 1:4418692/149‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGAGGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCa > 1:5766954/1‑149 (MQ=255) tcttcACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAATTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTCGTCTTTTCCTTTGTAGGAACTATACTTTCGTTTTTTCTTCCataaa > 2:4407562/1‑149 (MQ=17) tcttcACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCaaaaa > 1:3891761/1‑149 (MQ=255) tcttcACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCaaaaa > 2:2464096/1‑149 (MQ=255) ttcACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAaaga > 1:3084867/1‑149 (MQ=255) cTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGCCTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTa < 1:2214773/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTa > 1:3237589/1‑149 (MQ=255) cTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTa < 1:2587673/149‑1 (MQ=255) tGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTTTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAAt > 2:1916116/1‑149 (MQ=14) gCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTTTTGTATATTTTTGGATTTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGTGTCTTTTCCTCTGTAGGAACTCTACTTTCGTTTTGTCCTCCACAAAGAAGTAATa > 2:5692649/1‑149 (MQ=17) gCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTCTTTTTTTTCTATGTAGGAACTATACTTTAGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATa > 2:1209077/1‑149 (MQ=14) cATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTTCTCCAAAAAGAAGTAATACaa > 2:7119620/1‑149 (MQ=255) cATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACATTAATGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACaa < 2:6135571/149‑1 (MQ=255) tATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTTTCTCTGTAGAAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGt > 2:4152456/1‑149 (MQ=14) 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tATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCt > 1:8179241/1‑149 (MQ=255) tATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCt < 2:6316024/149‑1 (MQ=255) taataaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCa > 2:7731447/1‑149 (MQ=255) ataaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTAAAAAAACAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATg < 2:588413/149‑1 (MQ=14) taaATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTGAAAAGTTCTACCATgg > 1:6473402/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGc > 1:7137113/1‑149 (MQ=38) | GACAACTTCACGATTAAACAGATCCATATAAGGGTTGAGGTAAGCTTTCTTCACTTGCCCATTATCGTAGTATTTAAACTCAGTAGTATCAGTTACCAGTTTTTGATGAACAACTTTGGAATTAAAACGTCTATTTAATAAATTTTTTGCGACTTTTCCTCTGTAGGAACTATACTTTCGTGTTTTCCTCCAAAAAGAAGTAATACAAAGTCCTAGCTTTCGCATTAAACGTTGAACTTTTTTATGGTTAACAATATATCCTTCACGCTTTAAAAGTTCTACCATGGGGCG > AM406671/2143685‑2143975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |