| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 495877 = | 124 (0.110) | 17 (0.020) +AAAAAAAAAAAAAAAT |
17/264 | 24.5 | 3.1% | intergenic (+77/‑32) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
| ? | AM406671 | = 1647943 | 1061 (0.960) | intergenic (+48/+134) | tnp905/mleR | pseudogene/malolactic fermentation system transcriptional activator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1067 total aligned reads displayed.
ACTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTATTTTTATTAATTCAAAAAAGCATCATATTAATGATGTTTTTTTCTACAATTTATTTTAAAGTTTT > AM406671/1647795‑1648091 | cTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCg < 2:7167659/149‑1 (MQ=33) tAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGa > 1:8275896/1‑149 (MQ=35) ttACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACaa < 1:9102930/149‑1 (MQ=38) ttACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACaa > 2:8384624/1‑149 (MQ=38) aCTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACaaaa > 1:6309638/1‑149 (MQ=39) aCTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACaaaa > 1:4103855/1‑149 (MQ=39) tgtttgAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCAt < 1:3791785/149‑1 (MQ=255) gtttgAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCAtt < 1:2373505/149‑1 (MQ=255) ttgAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTg > 2:9505231/1‑149 (MQ=255) ttgAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACCCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTg > 2:9178949/1‑149 (MQ=255) aaaGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCt < 2:6467139/148‑1 (MQ=255) aaGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCtt > 2:8973980/1‑149 (MQ=255) aGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTc < 1:854540/149‑1 (MQ=255) aGATTATAATTTCAAGCAAAGGCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTc < 2:2307467/149‑1 (MQ=255) gATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGCTTAATATTCTTCAACTCTACTAGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATATGCTTCa > 1:4556554/1‑149 (MQ=255) gATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCa < 2:8637880/149‑1 (MQ=255) aTTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCAt < 1:9272742/149‑1 (MQ=255) aaTTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAag > 2:2561641/1‑149 (MQ=255) aTTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAaga > 1:3579155/1‑149 (MQ=255) tttCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAGTTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAagag > 2:6031884/1‑149 (MQ=255) tttCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAagag < 2:1225506/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAgaga < 1:1924080/149‑1 (MQ=255) aaGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACaa < 2:1388114/149‑1 (MQ=255) cAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAaata < 2:2656176/149‑1 (MQ=255) gTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATAc > 2:3534510/1‑149 (MQ=255) gTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATAc > 2:1928725/1‑149 (MQ=255) aaCGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATActct < 1:5465681/149‑1 (MQ=255) aaCGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATActct < 2:2800140/149‑1 (MQ=255) aaCGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATActct > 2:6749144/1‑149 (MQ=255) aCGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTa > 2:5550316/1‑149 (MQ=255) gCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAAt < 2:4620531/149‑1 (MQ=255) gCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAAt > 1:9474763/1‑149 (MQ=255) gCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTAAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAAt < 1:6092206/149‑1 (MQ=255) tCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATtat < 2:7738457/149‑1 (MQ=255) ccATAAATGTTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATtata < 2:4914374/149‑1 (MQ=255) cATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATaa > 2:1684170/1‑149 (MQ=255) aTAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAAc < 2:4242360/149‑1 (MQ=255) gggTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTc < 2:4032174/149‑1 (MQ=255) gggTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTc > 2:1070541/1‑149 (MQ=255) aaTGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATAtttt > 1:3212941/1‑149 (MQ=255) aTGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATAttttt > 2:5828798/1‑149 (MQ=255) tgtgCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATAtttttt > 1:4869154/1‑149 (MQ=255) tGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTAt < 2:933751/149‑1 (MQ=255) acacacTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCg > 1:7810864/1‑149 (MQ=255) acacacTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCg > 1:2173212/1‑149 (MQ=255) cacacTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCt < 1:7581910/90‑1 (MQ=255) cacacTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGc < 2:3286481/149‑1 (MQ=255) cacTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCtt > 1:1397889/1‑149 (MQ=255) acTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTg > 1:6656773/1‑149 (MQ=255) ttGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACACTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGcc > 2:2433295/1‑149 (MQ=255) tGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCt < 2:2962559/149‑1 (MQ=255) cagaGCTTAGTTGATTAATATTGTTCAACTCTAGCTGAGTCTATACACATAAATATTGACAGTATCGGACAAAATAATTGGCTTGATAAAAGAGACACATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTGTGGTATCGCTTGCCTa < 2:4477941/146‑1 (MQ=255) aaaGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTAt < 1:4379042/149‑1 (MQ=255) aaGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTAtt < 1:7465110/149‑1 (MQ=255) gCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTAtttt < 1:581071/149‑1 (MQ=255) gCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAAGAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTAtttt < 2:3918842/149‑1 (MQ=255) cTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTAttttt < 2:7017829/149‑1 (MQ=255) ttATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTATTTtta < 2:1496512/149‑1 (MQ=255) tttGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTATTTttatta < 1:6890507/149‑1 (MQ=255) 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cGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTATTTTTATTAATTCAAAAAAGCATCATATTAATGATGTTTTTTTCTACAATTTATTTTAAAGtttt < 1:6389940/149‑1 (MQ=255) | ACTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGACCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCGGACAAAATCATTTGCTTCATAAAAGAGACAAATAATACTCTAATTATAACATTTCCTGATATTTTTTGGTATCGCTTGCCTATTTTTATTAATTCAAAAAAGCATCATATTAATGATGTTTTTTTCTACAATTTATTTTAAAGTTTT > AM406671/1647795‑1648091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |