| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 704944 = | NA (NA) | 1077 (1.010) | 211/296 | 3.9 | NA | coding (127/261 nt) | llmg_0720 | conserved hypothetical protein |
| ? | AM406671 | = 796737 | NA (NA) | intergenic (+88/‑293) | llmg_0823/ps333 | putative transposase helper protein for IS712D/terminase small subunit | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1077 total aligned reads displayed.
ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 ATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGT > 2:4024641/1‑149 CGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAGTCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAA < 1:7596236/149‑1 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1:940392/1‑149 CACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCT > 1:1019013/1‑149 CTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAA > 1:7152281/1‑149 TTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAA < 1:6833225/149‑1 TTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATG > 1:6133473/1‑149 TTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATG < 1:2844003/149‑1 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2:2730946/148‑1 TCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGT < 1:6003375/149‑1 GGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTT < 2:8732531/149‑1 GGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTT < 2:8624817/149‑1 AATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGG < 2:3029391/149‑1 TATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTC < 2:2056315/149‑1 ATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCA < 1:2682685/149‑1 TGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCAT < 2:2232727/149‑1 GTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTG > 1:1083193/1‑149 GTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTG > 1:173331/1‑149 TTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTA > 1:137715/1‑149 TTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGAGCAAACTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTA < 2:6476170/149‑1 TTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGA > 1:7326402/1‑149 TAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAAT < 1:7913027/149‑1 AAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATG > 1:2494928/1‑149 AGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGG > 1:4371271/1‑149 GATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGG > 2:3557330/1‑149 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2:4881308/1‑149 GAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCTCTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGAT < 1:5390269/149‑1 GAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGAT < 1:6384954/149‑1 GAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGAT > 2:3937495/1‑149 AGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATT < 1:9121748/149‑1 ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/705091‑704944‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |