| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1315 (1.230) | 283/296 | 0.0 | 95.0% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
| ? | AM406671 | = 2090433 | 69 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1315 total aligned reads displayed.
CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCC > 1:1210535/1‑149CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCC > 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TTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACG > 2:7161897/1‑149 TGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGAC < 2:3845678/149‑1 TTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTG > 1:2267852/1‑149 GAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCA > 2:3666762/1‑149 AGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAA > 2:5690791/1‑149 GATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAA > 1:9049654/1‑149 TTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGG < 2:7923784/149‑1 TATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGC < 2:1895289/149‑1 TAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGCTTACACATAATTATTGACAGTATGCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAA < 2:5014664/149‑1 CAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATA < 1:60723/149‑1 GCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGT > 1:4443854/1‑149 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ACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGGCTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTT < 2:2286564/149‑1 ACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTT < 1:4703153/149‑1 AATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATC > 2:3509172/1‑149 ATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCC < 2:1143993/149‑1 ATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCC > 2:4369226/1‑149 TATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTG < 1:6422367/149‑1 TATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTG < 1:3977487/149‑1 gTTGGCAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATGAGTGTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGGATACTGTTGATAGCGATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGA < 2:3365038/148‑1 TGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAG < 1:1937735/149‑1 GACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGT < 1:8863318/149‑1 GACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGT < 1:4568354/149‑1 CAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTA > 1:9155509/1‑149 AGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTAT > 1:1328100/1‑149 GTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGTGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATT < 2:6031807/149‑1 TATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTG > 1:8342851/1‑149 TATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTG > 1:7562256/1‑149 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |