New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1315 (1.230) | 283/296 | 0.0 | 95.0% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
? | AM406671 | = 2090433 | 69 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
Only 100 of 2539 total aligned reads displayed.
TTTTCAATAACTTCAGGATTAAACGTAAAAGCCCAATCATATCTTGGCTTATATAAAACCTTAAATTTATAATGGCTATCAACAGTATTCTTTAACTTATAAAGTTCATCTCTAAACTTATCATTTGCCTTTTGCAAGTCGTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACATTCCTTCGT > AM406671/2090285‑2090581 | ttttCAATAACTTCAGGATTAAACGTAAAAGCCCAATCATATCTTGGCTTATATAAAACCTTAAATTTATAATGGCTATCAACAGTATTCTTTAACTTATAAAGTTCATCTCTAAACTTATCATTTGCCTTTTGCAAGTCGTTAATTCg < 1:1229488/149‑1 (MQ=255) atcttgcttttgggctaggaagttaagtagttctgtggtaaactgagtcataggaataaatctctttctagtaatgtttcgcaactctactataacggatttattcctttttgtgtttacacaacttattttacactaccTTAATTCGa < 2:314159‑M2/9‑1 (MQ=255) cttgcttttgggctaggaagttaagtagttctgtggtaaactgagtcataggaataaatctctttctagtaatgtttcgcaactctactataacggatttattcctttttgtgtttacacaacttattttacactaccTTAATTCGata < 1:19297‑M2/11‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |