| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 669736 = | 1133 (1.060) | 94 (0.110) +GCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATC |
11/232 | 41.4 | 10.4% | coding (10/498 nt) | llmg_0676 | hypothetical acetyltransferase |
| ? | AM406671 | = 699762 | 945 (0.880) | intergenic (‑51/‑32) | llmg_pseudo_20/llmg_0715 | pseudogene/hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1139 total aligned reads displayed.
TCATCTGATGTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTATCTCATTTTAAACTAAAATAGACTTATTAATCAAAGCGTAAATTAAAGTCAATGGAACTATATCTAATTTATAAATAA > AM406671/669588‑669884 | tCATCTGATGTAGTCAACTTGTTTAGTCGTTTCCTGAATACAGCATTTCATAAATTAAGATTTGGTTTATAAAGTTGTTGGTTACTTGTTTTAAATAATTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCGCgttttg < 2:5198177/149‑1 (MQ=255) cATCTGATGTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACgttttgt < 2:2713420/149‑1 (MQ=255) aTCTGACGTAATTAACCTCACCAGTGGTCTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCACTATTTTGTTGATAAAGTTGGTTGTTCTATGCCTTAAATTTTTCAAACATAGGTTCTATACTTCTCAAATCATCGTTCTGCATCACgttctgtt > 2:1900236/1‑149 (MQ=255) tCTGATGTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACgttttgttt > 1:8136886/1‑149 (MQ=255) cTGATGTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACgttttgtttt > 2:1513523/1‑149 (MQ=255) cTGATGTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACgttttgtttt < 2:7421940/149‑1 (MQ=255) gTAATTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCAt > 2:8263422/1‑149 (MQ=255) aTTAACTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGtt > 1:1604870/1‑149 (MQ=255) ttAACTGTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCAATTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAATTTGTTTGTTATTTTTTTGAAATTTTTGAGAAATAAGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGAAACACGTTTTTTTTTTTCATtttt > 2:2069705/1‑149 (MQ=255) aCTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTg > 2:7101591/1‑149 (MQ=255) cTTTTTTAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGt < 2:8701510/149‑1 (MQ=255) tttAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCtt > 1:4612135/1‑149 (MQ=255) tAGTGGTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCtttt > 2:1125765/1‑148 (MQ=255) gTGGCTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAATAATAGGTTCTTTTGTTATCTTATTATATTTCTGCATTTTGTTTTGTTTTTTATTGTTTTTGTTCttttcc > 2:1378131/1‑146 (MQ=255) ggTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTa < 1:2871340/149‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTaa < 1:208440/149‑1 (MQ=255) tttCTCAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAAt > 1:3727095/1‑149 (MQ=255) tcAAAACAGCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATtata < 1:2749919/149‑1 (MQ=255) 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gCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTg < 1:1394899/149‑1 (MQ=255) gCATTTCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTg < 1:6510617/149‑1 (MQ=255) ttCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTGTACAATAGTGActc > 1:7141351/1‑149 (MQ=255) tCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAATTTATACATTTGTGActct > 2:6870234/1‑149 (MQ=255) tCTTAAATCAATATTTTGTTTATAAAGTTGTTTGTTATTTGTTTTAAATTTTTGAAAAATAGGTTCTTTAGTTATCAAATCATATTTCTGCATCACGTTTTGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGActct < 1:1001289/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |