| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 154 (1.010) | 56/66 | 0.4 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 151 (0.990) | 63/66 | 0.0 | 99.2% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.010) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772892‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < REL606/4524527‑4524492 CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:4786659/37‑1CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1285987/37‑1CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:9690024/1‑37CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:4426285/1‑37CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:8177223/1‑37CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:15785/37‑1CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:2181443/1‑37CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:6940706/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:3758633/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:4550833/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:5093553/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:5460316/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:5724763/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:6554491/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:7219155/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:4293402/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:8291140/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:8757195/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:1852573/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:11228393/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:2958345/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1154243/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:8528745/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:6856263/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:4214039/37‑1 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:3530765/1‑37 AGGCGTAATACCACAACCCGTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:5212847/37‑1 GGCGTAATACCACGACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:8694951/37‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:7056411/37‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:2652528/37‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:10645702/37‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:6794307/1‑37 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:10074849/37‑1 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:5995164/1‑37 GCGTAATACCACAACCATTAAGTTAGCGCTTATGGGc > 2:3346173/1‑36 CGTAATACCGCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 2:7413462/37‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT > 2:4999501/1‑37 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTANGGGTT < 2:10616205/37‑1 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG > 2:4159903/1‑37 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:4442488/37‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 2:9573235/37‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:91326/37‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 2:9363986/37‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC < 1:3502738/37‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 1:1112690/1‑37 TACCACAGCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC < 2:8738505/37‑1 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC < 1:6398934/37‑1 CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC > 1:7774979/1‑37 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCt < 2:7140880/37‑2 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC < 1:7618014/37‑1 CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:957129/1‑37 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:748187/1‑37 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG > 1:5209881/1‑37 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG < 2:2021430/37‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:9765607/1‑37 ACCCTTAGGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT < 2:5751124/37‑1 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 2:10860329/1‑37 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT < 2:9113527/37‑1 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 1:2279602/1‑37 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT > 1:2390974/1‑37 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG < 1:11229711/37‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG > 2:6108100/1‑37 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 1:10433638/37‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC > 2:5147225/1‑37 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA < 1:10290877/37‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA < 2:8068998/37‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA > 1:4990042/1‑37 TAAGTTACCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAA > 2:6427316/1‑37 AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 2:3729465/37‑1 AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT > 2:4826060/1‑37 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA > 1:10112507/1‑37 TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA > 1:4739800/1‑37 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 2:11171877/37‑1 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 1:7857395/1‑37 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC > 2:9012395/1‑37 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:10690264/37‑1 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:7712766/37‑1 AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACG > 2:7000238/1‑37 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC < 1:842478/37‑1 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 1:3677425/1‑37 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC > 2:5545733/1‑37 CGCTGATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG < 1:4565671/37‑1 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 2:9292549/1‑37 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC < 1:5662339/37‑1 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC > 1:1802479/1‑37 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG > 1:4105704/1‑37 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG > 2:395592/1‑37 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAACTAACGCGCCTGGA < 2:8370632/37‑1 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 1:7827024/1‑37 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 2:892001/1‑37 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 1:166353/37‑1 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA < 2:2998663/37‑1 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA > 2:5377107/1‑37 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 1:7557503/37‑1 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 1:9302322/1‑37 GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 1:5886448/37‑1 GGGTTGCGGCCCCGGCTGCAAAATAACGCGCCTGGAA > 1:3217044/1‑37 GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC > 2:820042/1‑37 GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < 2:2617641/37‑1 GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < 2:6961809/37‑1 CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772892‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG < REL606/4524527‑4524492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |