| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 154 (1.010) | 56/66 | 0.4 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 151 (0.990) | 63/66 | 0.0 | 99.2% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.010) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774158‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCT > REL606/4524522‑4524557 gTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:1454194/36‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:2623601/1‑37TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:6697357/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:7561897/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:9449522/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:10046710/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1246440/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:2474100/37‑1TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:2073737/1‑37TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:4393488/1‑37TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:589743/1‑37TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:6452360/1‑37TTCTTCAGATGGTGCAACCCTTAAGCTAGCGCTTATG > 2:6563232/1‑37 TCTTCNGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:10590379/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:2854339/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:10338617/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:4484838/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:4618708/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:10250017/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:9879852/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:6849159/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:7282462/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:197881/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:3813803/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:150210/1‑37 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:10770997/37‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCNTATGG < 2:10686676/37‑1 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:8020788/1‑37 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:384211/1‑37 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:3983320/37‑1 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:11088638/37‑1 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:831649/37‑1 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:10474069/37‑1 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC > 1:6958965/1‑37 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC > 2:3898456/1‑37 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC < 2:10952936/37‑1 gCAGATGGTTCACCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC < 2:3412222/36‑1 TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC > 2:5270965/1‑37 CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG > 2:10539818/1‑37 CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG < 2:2327002/37‑1 AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC > 1:8918257/1‑37 AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC < 2:7653775/37‑1 AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC < 2:890337/37‑1 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA < 2:6590926/37‑1 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA > 2:7941554/1‑37 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA > 1:5647723/1‑37 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC > 2:7428111/1‑37 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGATTATGGGCCGCAACC > 1:2453914/1‑37 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC > 2:603395/1‑37 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC < 1:4635105/37‑1 TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 2:1580659/37‑1 TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 1:3770839/37‑1 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG < 1:2268483/37‑1 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG > 2:5892238/1‑37 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG < 2:1857798/37‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG < 2:112496/37‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG < 2:4716526/37‑1 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG < 2:9273332/37‑1 AACCATTAAGCTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG > 2:9053055/1‑37 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT > 1:282213/1‑37 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT < 2:5754560/37‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC < 2:2185346/37‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC > 1:9277814/1‑37 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC < 1:4974115/37‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCACCCCCGGGTGCT < 1:8797033/37‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG > 1:10132070/1‑37 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG > 2:7487569/1‑37 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC < 2:9547463/37‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC > 1:8373084/1‑37 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT > 2:6908293/1‑37 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT > 2:3089480/1‑37 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 2:7604242/37‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 1:8639728/37‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA > 2:4192189/1‑37 GTTAGCGCTTATGGTCCGCAACCCCGGTTGCTGCTAA < 2:5647714/37‑1 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT > 1:9027390/1‑37 TTAGCGC‑TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG < 2:8124118/37‑1 gAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG < 1:5418933/36‑1 gAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG < 2:5432993/36‑1 TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG < 2:8579908/37‑1 AGCGCTTATGAGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC < 1:11032799/37‑1 GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG < 1:10756647/37‑1 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTCACGCGG > 1:2915718/1‑37 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG < 2:6398704/37‑1 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG < 2:10371937/37‑1 GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA > 1:6255252/1‑37 GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCGGc > 2:4887713/1‑36 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT > 2:4503764/1‑37 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG < 1:3950553/37‑1 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG > 1:3659620/1‑37 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG > 2:5999481/1‑37 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 2:3313024/37‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 1:7820398/37‑1 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA > 1:11261915/1‑37 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA < 1:8837093/37‑1 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 2:7844652/37‑1 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 1:6174555/37‑1 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC > 2:1649920/1‑37 tGCCGCAGCCGCGGGTGCTGCTAATACGGATGCGACC < 1:11286525/36‑1 GGCCGCAGCCCCGGGGGCTGCTAATGCGGATGCGACC < 1:7428952/37‑1 TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774158‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCT > REL606/4524522‑4524557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |