| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3850562 = | 343 (1.400) | 4 (0.020) | 3/134 | 18.2 | 1.3% | intergenic (+56/‑35) | tnaA/tnaB | tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent/tryptophan transporter of low affinity |
| ? | REL606 | 3850779 = | 296 (1.350) | coding (183/1248 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/3850644‑3850562‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgttattAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > REL606/3850779‑3850853 CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTT < 1:5175588/76‑1CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTT > 1:4771950/1‑76CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTT < 1:3872599/76‑1CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTT < 2:1517958/76‑1 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 1:5659636/1‑76 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 2:6091461/1‑76 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 1:1968929/1‑76 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 2:3242076/1‑76 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 1:2840043/1‑76 ATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTT > 2:2118138/1‑76 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG < 1:6618964/76‑1 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG < 1:7060097/76‑1 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG > 1:4007923/1‑76 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG > 1:901867/1‑76 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG < 2:3997175/76‑1 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG > 2:4090762/1‑76 TAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTG < 2:5198213/76‑1 CACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTA > 1:7781146/1‑76 ACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTAT < 2:7967872/76‑1 CCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATT > 1:835200/1‑76 TGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATTAGAAGCAA < 2:2208064/76‑1 TGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATTAGAAGCAA < 2:7372191/76‑1 GCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < 2:1439946/76‑1 TTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTAT < 2:6110396/76‑1 TTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACA < 1:5135229/76‑1 TTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACA < 2:6454940/76‑1 TTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACA > 2:5563774/1‑76 TTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACA < 1:2744724/76‑1 TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACAC > 2:4538237/1‑76 TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACAC > 1:1902636/1‑76 TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACAC < 2:2526448/76‑1 TGTTATTAGAAGCAAATTTAAATCATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACAC < 2:4275602/76‑1 GTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACC < 1:4768664/76‑1 GTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACC > 1:3378804/1‑76 GTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACC > 1:2731849/1‑76 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT < 1:7033630/76‑1 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT < 1:1448433/76‑1 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > 1:1721766/1‑76 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > 2:4055973/1‑76 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > 2:2453119/1‑76 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > 1:4919877/1‑76 TTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > 1:1297136/1‑76 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG < 2:3653666/76‑1 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG > 2:6650722/1‑76 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG < 2:6618964/76‑1 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG > 2:5759860/1‑76 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG > 2:5557095/1‑76 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG > 2:5388413/1‑76 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG < 2:1114121/76‑1 TATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTG > 2:4194537/1‑76 ATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG > 2:4900953/1‑76 ATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG > 1:1887758/1‑76 ATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG > 2:4651566/1‑76 ATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG < 2:7934032/76‑1 ATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG > 1:7430238/1‑76 TTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA > 2:5119731/1‑76 TTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA < 1:5933298/76‑1 TTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA > 1:169591/1‑76 TTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA > 1:2032652/1‑76 TTAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA < 1:886585/76‑1 TAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > 2:304908/1‑76 TAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA < 2:7288566/76‑1 TAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > 1:329676/1‑76 TAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > 2:7619181/1‑76 TAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > 1:3534436/1‑76 CATAACACCCCAAAATGCAGAGTGCTTTTTTTCAGCTTGATCAGTCATGATGCCACCTTTAGAGGAAGGCTATTTTTGTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/3850644‑3850562‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgttattAGAAGCAAATTTAAATTATCCTGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > REL606/3850779‑3850853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |