| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2042218 = | 293 (1.200) | 5 (0.020) | 4/134 | 17.4 | 1.9% | coding (603/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) |
| ? | REL606 | 2042455 = | 257 (1.180) | coding (366/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ACTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATAAA > REL606/2042380‑2042530 | cTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATaa < 2:1135161/76‑1 (MQ=255) ttttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAAc > 1:4326290/1‑76 (MQ=255) tttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACt < 1:1024067/76‑1 (MQ=255) tttAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACt > 2:4720792/1‑76 (MQ=255) aGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGtt > 1:1542704/1‑76 (MQ=255) aGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGtt < 1:6494002/76‑1 (MQ=255) gCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTa < 2:6613021/76‑1 (MQ=255) gCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTa < 2:4556726/76‑1 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa < 1:2029078/76‑1 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa < 1:6075460/76‑1 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa < 2:2490295/76‑1 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa > 2:3189441/1‑76 (MQ=255) cTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTaa < 2:1284580/76‑1 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATg > 1:6924592/1‑76 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATg > 2:1623533/1‑76 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATg > 1:5475152/1‑76 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATg < 1:7752290/76‑1 (MQ=255) tGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCAATAACTGTAAATg < 2:3717080/76‑1 (MQ=255) gATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCt < 1:6415441/76‑1 (MQ=255) aTCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTa < 1:1315017/76‑1 (MQ=255) aTCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTa < 2:1401154/76‑1 (MQ=255) aTCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTa > 1:3844597/1‑76 (MQ=255) aTCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTa < 1:4125752/76‑1 (MQ=255) aaaaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAata > 1:1413927/1‑76 (MQ=255) aaaaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAata > 2:5840598/1‑76 (MQ=255) aaaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAatat < 2:7616173/76‑1 (MQ=255) aaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATc < 2:169444/76‑1 (MQ=255) aaTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATc < 2:2944511/76‑1 (MQ=255) aTTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCa < 1:4805331/76‑1 (MQ=255) ttCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCaa < 2:5766578/76‑1 (MQ=255) ttCACGTCTACAGTGAGCTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCaa < 1:2398010/76‑1 (MQ=255) tCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAg < 1:2655540/76‑1 (MQ=255) cACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGt > 1:3517555/1‑76 (MQ=255) cACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGt > 2:5051677/1‑76 (MQ=255) cACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGt < 2:7227534/76‑1 (MQ=255) cACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGt > 2:2282938/1‑76 (MQ=255) aCGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTa < 2:186700/76‑1 (MQ=255) gTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTaaa < 2:1531278/76‑1 (MQ=255) gTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTaaa < 2:2665275/76‑1 (MQ=255) cTACNGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGa > 2:7357905/1‑76 (MQ=255) aCAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGAtt > 1:3305205/1‑76 (MQ=255) aGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTcc < 2:805132/76‑1 (MQ=255) tGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcag < 1:4731483/76‑1 (MQ=255) tGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcag > 1:7050771/1‑76 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc > 1:3121190/1‑76 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc < 1:4537109/76‑1 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc > 2:5550300/1‑76 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc < 2:1344360/76‑1 (MQ=255) gAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCcagc > 1:7468169/1‑76 (MQ=255) tGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCGTTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCagag < 2:3086517/76‑1 (MQ=255) tGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCagag < 2:3853647/76‑1 (MQ=255) gAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAgg < 2:6652856/76‑1 (MQ=255) gAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAgg > 1:5835610/1‑76 (MQ=255) aaTTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGt < 2:835870/76‑1 (MQ=255) aaTTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGt < 1:2798514/76‑1 (MQ=255) aTTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTa < 1:7577753/76‑1 (MQ=255) ttttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAt < 2:4267322/76‑1 (MQ=255) ttttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAt > 1:4926598/1‑76 (MQ=255) tttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTaaa > 2:6988982/1‑74 (MQ=255) tttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAtt < 2:2036143/76‑1 (MQ=255) ttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAttt > 2:7857591/1‑76 (MQ=255) ttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAttt < 1:5859291/76‑1 (MQ=255) ttGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTAttt < 2:3979810/76‑1 (MQ=255) tGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTg < 1:4389013/76‑1 (MQ=255) gggATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGAt > 1:3635055/1‑76 (MQ=255) gggATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGAt < 2:3383472/76‑1 (MQ=255) gATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAg < 1:2732537/76‑1 (MQ=255) gATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAg < 2:3430310/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGa > 1:6735979/1‑76 (MQ=255) tAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAAt > 2:2854952/1‑76 (MQ=255) tAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAAt > 1:939094/1‑76 (MQ=255) aaaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATa > 1:2271658/1‑76 (MQ=255) aaaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATa < 2:2805777/76‑1 (MQ=255) aaaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATa > 1:7529476/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATaa < 1:1599086/76‑1 (MQ=255) aaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATaa < 1:6325840/76‑1 (MQ=255) aaGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATaa < 2:5385276/76‑1 (MQ=255) aGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATaaa < 1:5695933/76‑1 (MQ=255) tAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCa < 1:4991844/76‑1 (MQ=255) tAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCa < 2:4440555/76‑1 (MQ=255) tAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCa < 1:7260050/76‑1 (MQ=255) aCCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAata < 1:3362650/76‑1 (MQ=255) aCCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAata < 1:1899200/76‑1 (MQ=255) ccATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAatat < 1:6976519/76‑1 (MQ=255) cATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAAtata > 1:1473576/1‑76 (MQ=255) cATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAAtata < 1:468756/76‑1 (MQ=255) tttGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaag > 2:7767964/1‑76 (MQ=255) ttGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaaga < 2:7929655/76‑1 (MQ=255) ttGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaaga > 1:4289034/1‑76 (MQ=255) tGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaagaa < 1:4527748/76‑1 (MQ=255) gCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATaagaag > 2:5595924/1‑76 (MQ=255) cTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAagaaga > 2:6255045/1‑76 (MQ=255) tataACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGAt < 1:5277767/76‑1 (MQ=255) ataACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATa < 1:3718729/76‑1 (MQ=255) ataACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATa < 1:2526768/76‑1 (MQ=255) taACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaa < 2:6849843/76‑1 (MQ=255) taACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaa < 1:1050340/76‑1 (MQ=255) aaCTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaaa < 1:2909430/76‑1 (MQ=255) aaCTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaaa < 1:300487/76‑1 (MQ=255) aaCTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATaaa > 1:6221008/1‑76 (MQ=255) | ACTTTTAGCTTGGATCTTAAAATTCACGTCTACAGTGAGTTGAATTTTGGGGATTAAAGTTAGACCATTTGCTATAACTGTTAATGCTAAAATATCAAGTAAAGATTCCAGCAGAGGTATTTGATAGAATAAAGCAATATAAGAAGATAAA > REL606/2042380‑2042530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |