| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 2039707 | 91 (0.410) | 4 (0.020) | 4/144 | 20.3 | 3.7% | coding (422/438 nt) | vioB | VioB, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
| ? | REL606 | = 2040225 | 121 (0.570) | intergenic (‑97/+46) | vioB/vioA | VioB, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis/VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGATTATTTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATA > REL606/2039634‑2039781 | gCCGATTATTTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATa < 2:2372098/76‑1 (MQ=255) tttattattTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAg > 2:4770081/4‑76 (MQ=255) gATTATTTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAgcg > 2:5956865/1‑76 (MQ=255) attattTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAgcgc > 2:441862/1‑76 (MQ=255) ttattTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCt > 1:6620457/1‑76 (MQ=255) tagttttAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCtt < 1:110701/73‑1 (MQ=255) attTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTg < 1:1978795/76‑1 (MQ=255) tttttAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTgg < 2:2449566/76‑1 (MQ=255) tttttAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTgg < 2:2422449/76‑1 (MQ=255) tttAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGtt > 1:3440608/1‑76 (MQ=255) ttAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGttt < 1:4211846/76‑1 (MQ=255) aGTTGTCCGACTACTATCCGTATGCCGCAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGCtttca > 1:6540565/1‑74 (MQ=255) aGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTaa > 1:561353/1‑76 (MQ=255) aGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTaa < 2:6035325/76‑1 (MQ=255) ttGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAAt > 1:1159368/1‑76 (MQ=255) tGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATa > 2:769874/1‑76 (MQ=255) tGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATa > 2:183574/1‑76 (MQ=255) gTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATAc > 1:5577176/1‑76 (MQ=255) tCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACa < 2:6373893/76‑1 (MQ=255) ccGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAg > 1:2714062/1‑76 (MQ=255) ccGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAg < 1:6834872/76‑1 (MQ=255) cGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGa > 2:3913741/1‑76 (MQ=255) cGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGa < 1:5700516/76‑1 (MQ=255) aCTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGAtt > 2:5080463/1‑76 (MQ=255) tAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCa > 2:2027955/1‑76 (MQ=255) tAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCa > 2:323011/1‑76 (MQ=255) tAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCa > 1:7024668/1‑76 (MQ=255) aaTATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCaa < 1:1840907/76‑1 (MQ=255) aaTATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCaa > 2:5522396/1‑76 (MQ=255) aaTATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCaa > 1:6472000/1‑76 (MQ=255) atatCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAg > 1:862318/1‑76 (MQ=255) atatCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTAACAGATTATCTCCAATAGCGATTGGTTTAAATACAGAATCAAg > 1:7006344/1‑76 (MQ=255) atCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATCGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCt > 1:5085023/1‑76 (MQ=255) atCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCt > 1:1501768/1‑76 (MQ=255) atCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCt > 2:2030967/1‑76 (MQ=255) tCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTc < 2:3844304/76‑1 (MQ=255) cGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCa < 1:599221/76‑1 (MQ=255) tATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaat > 1:4217622/1‑76 (MQ=255) aTGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaata > 1:6622860/1‑76 (MQ=255) tGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaataa < 1:417619/76‑1 (MQ=255) gCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaataat < 1:3107479/76‑1 (MQ=255) gCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaataat < 1:3406391/76‑1 (MQ=255) gCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaataat > 2:568789/1‑76 (MQ=255) gCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaataat > 1:5565614/1‑76 (MQ=255) ccGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAAtt > 2:6199791/1‑76 (MQ=255) aaataaatATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCtt < 2:1972641/76‑1 (MQ=255) aataaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTg < 2:2682040/76‑1 (MQ=255) ataaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGc < 2:6884302/76‑1 (MQ=255) taaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGct > 1:2802027/1‑76 (MQ=255) aaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGctt > 1:4845095/1‑76 (MQ=255) aaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGctt > 2:3190582/1‑76 (MQ=255) aaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGctt > 1:2699702/1‑76 (MQ=255) aataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttc > 2:1668551/1‑76 (MQ=255) atatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttct > 2:192420/1‑76 (MQ=255) atatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttct > 2:6942347/1‑76 (MQ=255) atatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttct > 1:4673432/1‑76 (MQ=255) atatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttct > 1:1653568/1‑76 (MQ=255) tatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttctt > 2:6133573/1‑76 (MQ=255) atGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCttt > 2:2124537/1‑76 (MQ=255) atGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCttt > 2:6366357/1‑76 (MQ=255) gAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCa > 1:1813549/1‑76 (MQ=255) aTCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGa > 1:206483/1‑76 (MQ=255) tCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGat > 1:5849525/1‑76 (MQ=255) cTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGata > 1:6739722/1‑76 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat > 1:5191126/1‑76 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat < 1:6760776/76‑1 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat > 2:6768760/1‑76 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat > 2:1954770/1‑76 (MQ=255) cacaGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTg > 2:4543087/1‑76 (MQ=255) acaGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTgg > 2:4353433/1‑76 (MQ=255) caGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGt > 1:5536058/1‑76 (MQ=255) aGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGtt > 2:904209/1‑76 (MQ=255) aGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGtt > 2:2446022/1‑76 (MQ=255) 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tATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGc > 2:6285294/1‑76 (MQ=255) aTCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCt > 2:3309232/1‑76 (MQ=255) ctcCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTgg > 1:3831734/1‑76 (MQ=255) tcCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGt < 2:3332422/76‑1 (MQ=255) tcCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGt > 1:1371264/1‑76 (MQ=255) ccAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGta > 2:244639/1‑76 (MQ=255) ccAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGta > 2:6636634/1‑76 (MQ=255) cAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGtat < 2:1070906/76‑1 (MQ=255) aaTAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGtata > 1:3072513/1‑76 (MQ=255) | GCCGATTATTTTTAGTTGTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATA > REL606/2039634‑2039781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |