| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 880528 = | 260 (1.100) | 3 (0.020) | 3/122 | 21.0 | 1.5% | intergenic (+17/+163) | ybjK/ECB_00814 | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/conserved hypothetical protein |
| ? | REL606 | = 904682 | 179 (0.930) | intergenic (+77/+159) | ECB_00851/ybjL | protein similar to prophage P2 OGR protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAGTTGGGTTGGTGGT > REL606/880453‑880603 | accgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATa < 2:4478055/76‑1 (MQ=255)accgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATa < 1:4025479/76‑1 (MQ=255) ccgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATaa < 2:3408837/76‑1 (MQ=255) ccgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATaa < 2:4417755/76‑1 (MQ=255) cgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAAc > 2:1715317/1‑76 (MQ=255) cgTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAAc > 2:156561/1‑76 (MQ=255) gTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGacaaca > 2:633803/1‑76 (MQ=255) tAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaa < 1:4312514/76‑1 (MQ=255) aaGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaa < 2:7279648/76‑1 (MQ=255) aGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaaa > 1:4773881/1‑76 (MQ=255) gCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaaaa < 2:55759/76‑1 (MQ=255) ccGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACaaaaaa < 2:4338400/76‑1 (MQ=255) cGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAAc < 2:3281788/76‑1 (MQ=255) tATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCa > 1:1037604/1‑76 (MQ=255) tATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAAACCa > 2:6533363/1‑76 (MQ=255) tCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCAtt > 2:6845498/1‑76 (MQ=255) cgcgcgAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCAttt < 2:4238465/76‑1 (MQ=255) gcgcgAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTa < 1:2307041/76‑1 (MQ=255) cgcgAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTAt < 1:4216967/76‑1 (MQ=255) gaggagATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTa < 1:6177301/76‑1 (MQ=255) aggagATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTaa < 1:851872/76‑1 (MQ=255) aggagATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAAATAACAAAAAACCCATTTATGTaa < 1:1938940/76‑1 (MQ=255) ggagATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTaaa < 1:7524178/76‑1 (MQ=255) ggagATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTaaa < 2:1667379/76‑1 (MQ=255) gagaTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAAc < 2:2217493/76‑1 (MQ=255) agaTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACg < 2:3665388/76‑1 (MQ=255) gaTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACgg > 1:3394925/1‑76 (MQ=255) aTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACggg > 1:3056725/1‑76 (MQ=255) aTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACggg > 1:6816486/1‑76 (MQ=255) aTTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACggg < 2:5799513/76‑1 (MQ=255) tttGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGtt < 1:6828607/76‑1 (MQ=255) tGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTaa > 1:6273431/1‑76 (MQ=255) gAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAAt > 2:7398882/1‑76 (MQ=255) aGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATg < 2:4537351/76‑1 (MQ=255) ggATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGa < 1:1481125/76‑1 (MQ=255) gATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGaa < 1:5508237/76‑1 (MQ=255) gATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGaa < 1:5917159/76‑1 (MQ=255) aTGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGaaa < 1:6382807/76‑1 (MQ=255) aTGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGaaa > 2:5132468/1‑76 (MQ=255) tGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGaaaa > 2:4099332/1‑76 (MQ=255) ggTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAAc < 1:2746449/76‑1 (MQ=255) ggTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAAc < 2:588800/76‑1 (MQ=255) gTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACa < 1:4256458/76‑1 (MQ=255) ttGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTGAACGGGTTAATGAAAACaa > 1:6991740/1‑76 (MQ=255) ttGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACaa > 2:3134604/1‑76 (MQ=255) ttGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACaa > 1:6659751/1‑76 (MQ=255) tGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAAt < 1:2399917/76‑1 (MQ=255) gagaGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATa > 1:1355467/1‑76 (MQ=255) gagaGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATa > 1:3839701/1‑76 (MQ=255) gagaGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATa > 1:4507747/1‑76 (MQ=255) agagGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATaa > 1:7179780/1‑76 (MQ=255) agagGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATaa < 1:955450/76‑1 (MQ=255) agagGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATaa > 2:6135964/1‑76 (MQ=255) agagGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATaa > 1:1537143/1‑76 (MQ=255) gagGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAg > 2:6187973/1‑76 (MQ=255) agGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGt < 2:7038526/76‑1 (MQ=255) gggTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGtt < 1:3690722/76‑1 (MQ=255) gggTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGtt < 2:1254082/76‑1 (MQ=255) ttGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTtata > 1:2897604/1‑76 (MQ=255) ttGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTtata > 1:2811499/1‑76 (MQ=255) tGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAg > 2:1995936/1‑76 (MQ=255) tGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAg > 2:6905039/1‑76 (MQ=255) tGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAg < 1:1852831/76‑1 (MQ=255) tGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAg < 1:5033250/76‑1 (MQ=255) gCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGt > 1:1702623/1‑76 (MQ=255) gCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGt < 1:3478357/76‑1 (MQ=255) cAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTa < 2:4995629/76‑1 (MQ=255) cAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTa > 2:4969216/1‑76 (MQ=255) cAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTa < 1:1155373/76‑1 (MQ=255) aGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTaa > 1:2667742/1‑76 (MQ=255) aGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTaa > 1:5193676/1‑76 (MQ=255) gggTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTaaa < 1:5242170/76‑1 (MQ=255) ggTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTaaaa < 1:2126371/76‑1 (MQ=255) agtagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACa > 2:7478398/1‑76 (MQ=255) agtagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACa > 1:572931/1‑76 (MQ=255) agtagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACa < 2:4807409/76‑1 (MQ=255) gtagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACaa < 1:6931083/76‑1 (MQ=255) tagATAAGTTTTAGATAACAAAAAGCCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAAt < 1:1571196/76‑1 (MQ=255) tagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAAt > 2:7991/1‑76 (MQ=255) tagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAAt > 2:3581890/1‑76 (MQ=255) tagATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAAt > 2:2899281/1‑76 (MQ=255) agATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATa > 2:534512/1‑76 (MQ=255) agATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATa < 1:455085/76‑1 (MQ=255) gATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATaa > 1:6044901/1‑76 (MQ=255) gATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATaa > 1:1340502/1‑76 (MQ=255) gATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATaa < 1:2188054/76‑1 (MQ=255) aTAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAg < 2:5297441/76‑1 (MQ=255) aaGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgtt > 1:5492981/1‑76 (MQ=255) ttttAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttggg > 2:7138641/1‑76 (MQ=255) tttAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggt > 1:7238982/1‑76 (MQ=255) tttAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggt > 1:5152608/1‑76 (MQ=255) ttAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggtt > 2:2664276/1‑76 (MQ=255) ttAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggtt > 2:3847299/1‑76 (MQ=255) tAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggttg > 2:5473561/1‑76 (MQ=255) tAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggttg > 1:3253998/1‑76 (MQ=255) aGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggttgg < 1:6566122/76‑1 (MQ=255) aGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAgttgggttgg > 2:2336381/1‑76 (MQ=255) aTAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAGTTGGGTtggtg > 1:5583104/1‑76 (MQ=255) aTAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAGTTGGGTtggtg > 2:1382584/1‑76 (MQ=255) tAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAGTTGGGTtggtgg < 2:2928992/76‑1 (MQ=255) | ACCGTAAGCCGCTATCGCGCGAGGAGATTTTGAGGATGGTTGAGAGGGTTGCAGGGTAGTAGATAAGTTTTAGATAACAAAAAACCCATTTATGTAAACGGGTTAATGAAAACAATAAGTTATAGTAAAAACAATAAGTTGGGTTGGTGGT > REL606/880453‑880603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |