| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 2037392 | 133 (0.570) | 5 (0.020) | 4/136 | 20.2 | 3.7% | coding (739/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | = 2037686 | 138 (0.660) | coding (445/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TATAAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGAATCCGC > REL606/2037317‑2037467 | tataAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATc > 2:323563/1‑76 (MQ=255)tataAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATc > 2:4264542/1‑76 (MQ=255)tataAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATc > 2:2011938/1‑76 (MQ=255)tataAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATc > 2:1515159/1‑76 (MQ=255) ataaataaAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCt < 1:2503431/76‑1 (MQ=255) aaataaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGt > 1:2052784/1‑76 (MQ=255) aataaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGtt > 1:5036782/1‑76 (MQ=255) aataaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGtt > 2:5603020/1‑76 (MQ=255) ataaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTta < 1:6894657/76‑1 (MQ=255) ataaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTta < 1:3369693/76‑1 (MQ=255) taaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTtat < 2:1958311/76‑1 (MQ=255) taaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTtat > 1:2142132/1‑76 (MQ=255) taaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTtat < 2:2220706/76‑1 (MQ=255) taaaATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTtat < 2:643690/76‑1 (MQ=255) aTTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAAt > 2:2609887/1‑76 (MQ=255) aTTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAAt < 1:5417812/76‑1 (MQ=255) ttttCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATg < 1:3673994/76‑1 (MQ=255) ttcttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCa > 1:4965662/1‑76 (MQ=255) ttcttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCa < 1:3549185/76‑1 (MQ=255) tcttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCaa > 1:450884/1‑76 (MQ=255) cttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAAc > 2:5029355/1‑76 (MQ=255) cttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAAc > 1:5805671/1‑76 (MQ=255) cttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAAc < 2:2781346/76‑1 (MQ=255) ttcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTAAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACg > 1:1170961/1‑76 (MQ=255) tcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACgt > 1:6716869/1‑76 (MQ=255) tcAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACgt > 2:1659960/1‑76 (MQ=255) cAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACgtg > 1:921497/1‑76 (MQ=255) aaaaaaTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGtgtg > 2:7223917/1‑76 (MQ=255) aaaaaaTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGtgtg < 1:5849009/76‑1 (MQ=255) aaaaTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGaa < 1:6585181/76‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGaaa < 2:1405525/76‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGaaa > 1:2666931/1‑76 (MQ=255) aTCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACt > 1:3990556/1‑76 (MQ=255) cAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGt > 2:4514267/1‑76 (MQ=255) gTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGttt < 2:6516050/76‑1 (MQ=255) gTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGttt < 2:6516300/76‑1 (MQ=255) gTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGttt < 2:5026552/76‑1 (MQ=255) tAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTg > 2:1918104/1‑76 (MQ=255) tAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTg < 2:4257920/76‑1 (MQ=255) tAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTg > 1:4180189/1‑76 (MQ=255) tAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTg > 1:1022291/1‑76 (MQ=255) aGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGa > 2:5440242/1‑76 (MQ=255) aGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGa > 1:4717385/1‑76 (MQ=255) gATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGaa > 1:7273519/1‑76 (MQ=255) gATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGaa < 2:4046278/76‑1 (MQ=255) aTTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAATTGCAACGTGTGAAACTGTTTGAAc > 2:387444/1‑76 (MQ=255) ttCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAAct < 2:3107467/76‑1 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActc < 1:4280418/76‑1 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActc < 1:6667061/76‑1 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActc > 2:5148315/1‑76 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActc > 1:2508766/1‑76 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActc > 1:3453641/1‑76 (MQ=255) tctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATACAACGTGTGAAACTGTTTGAActc > 1:2155693/1‑76 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct < 2:267363/76‑1 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct < 1:1291112/76‑1 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct > 1:3692173/1‑76 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct > 1:4640615/1‑76 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct > 1:7511464/1‑76 (MQ=255) ctcCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAActct > 1:6591643/1‑76 (MQ=255) ccATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGc > 1:4659084/1‑76 (MQ=255) attattTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCca < 1:779006/76‑1 (MQ=255) tattTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCcaac < 2:600072/76‑1 (MQ=255) tattTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCcaac > 1:6375818/1‑76 (MQ=255) ttttAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAAcc > 2:1636947/1‑76 (MQ=255) tttAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCt > 2:4460124/1‑76 (MQ=255) tAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTc < 1:2017724/76‑1 (MQ=255) tAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTc < 2:493846/76‑1 (MQ=255) tAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTc > 1:355778/1‑76 (MQ=255) aaaTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCa > 2:3116034/1‑76 (MQ=255) aaTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCAt > 2:6101388/1‑76 (MQ=255) aaTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCAt > 2:800953/1‑76 (MQ=255) aaTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCAt < 1:4089155/76‑1 (MQ=255) aTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATa > 1:2125104/1‑76 (MQ=255) aTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATa > 1:309764/1‑76 (MQ=255) aTTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATa > 1:2833209/1‑76 (MQ=255) ttCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATaa > 1:1907118/1‑76 (MQ=255) ttCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATaa < 2:540799/76‑1 (MQ=255) tCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATaaa < 1:1864447/76‑1 (MQ=255) tGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAAtt > 1:6310928/1‑76 (MQ=255) tGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAAtt < 1:6203271/76‑1 (MQ=255) aGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAAttgtt > 2:1815239/1‑76 (MQ=255) gTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAAttgttg > 1:7470032/1‑76 (MQ=255) ttGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGa > 1:3009808/1‑76 (MQ=255) ttGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGa > 2:5588610/1‑76 (MQ=255) tGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGAt > 2:4782325/1‑76 (MQ=255) gATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGAtt < 1:1220308/76‑1 (MQ=255) aTTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTa < 1:6792418/76‑1 (MQ=255) ttAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaa > 2:3697626/1‑76 (MQ=255) ttAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaa > 1:5500003/1‑76 (MQ=255) ttAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaa < 2:4675183/76‑1 (MQ=255) tAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaaa < 2:1008420/76‑1 (MQ=255) tAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaaa < 2:2285373/76‑1 (MQ=255) aaTATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaaaa > 2:6354112/1‑76 (MQ=255) aaTATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTaaaa < 2:1079471/76‑1 (MQ=255) atatTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAg > 2:5340816/1‑76 (MQ=255) atatTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAg > 1:3562629/1‑76 (MQ=255) attatCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGaa > 1:5414853/1‑76 (MQ=255) atCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGAATcc > 1:5119539/1‑76 (MQ=255) tCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGAATCCg > 2:6211482/1‑76 (MQ=255) tCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGAATCCg < 2:7446248/76‑1 (MQ=255) | TATAAATAAAATTTTCTTCAAAAAAATCAGTAGATTCTCCATTATTTTTTAAATTCTGAAGTTGATTAATATTATCTGTTATAAATGCAACGTGTGAAACTGTTTGAACTCTGCCAACAACCTTCATAAATTGTTGATTAAAAGAATCCGC > REL606/2037317‑2037467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |