| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 43 (1.100) | 35/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 34 (0.870) | 29/144 | 0.4 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 | aGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCaa > 2:385989/1‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtctcattcttcagatgggtcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:123952‑M2/10‑1 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca > 2:332773‑M2/1‑72 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca < 1:353318‑M2/76‑5 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:92147‑M2/76‑6 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATAACATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCACcccat < 1:453078‑M2/76‑6 (MQ=255) tatacaaccctGANTAACGGAACCTATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:168141‑M2/4‑70 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 2:1013308‑M2/65‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:796809‑M2/1‑69 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:520155‑M2/14‑1 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:845024‑M2/14‑1 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcacnntcttcagatgnngcaaccctaaagttcgcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:1174982‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCAGTCCGTTTCAGGCGCGTTATTTTGCAACNGGGGCCGCAAcccataag > 1:1237477‑M2/1‑68 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct > 1:278946‑M2/60‑76 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 2:105430‑M2/76‑12 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCTGAGCCGCAAcccataagcgcta > 1:2021‑M2/1‑63 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCTCAACCCCGGGTgctgct < 2:446399‑M2/20‑1 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 2:158009‑M2/55‑76 (MQ=255) gAATAACGGATCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:233676‑M2/1‑59 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:233657‑M2/1‑59 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg < 1:310973‑M2/24‑1 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta < 1:618506‑M2/76‑19 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCCCACcccataagcgctaactta < 1:1225262‑M2/76‑19 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:370525‑M2/76‑20 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg < 2:622106‑M2/76‑22 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:260521‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgtcgcantattcagatgnttcaacccttaagttagcgcttntgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:1090958‑M2/29‑1 (MQ=255) gtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc > 2:598153‑M2/46‑76 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:608333‑M2/32‑1 (MQ=255) aCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg > 2:16233‑M2/1‑49 (MQ=255) gcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc > 1:211094‑M2/43‑76 (MQ=255) ccAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgg < 2:867517‑M2/76‑29 (MQ=255) ccAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgg > 1:451477‑M2/1‑48 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt > 2:773886‑M2/40‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 1:492620‑M2/37‑1 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:1204510‑M2/1‑43 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 2:871038‑M2/40‑1 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 1:1041561‑M2/76‑37 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc < 2:388654‑M2/45‑1 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc < 1:669199‑M2/45‑1 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 1:625553‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTa > 2:597738‑M2/28‑76 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:809590‑M2/1‑32 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc > 1:218465‑M2/26‑76 (MQ=255) cccttaagntagcgcttatnggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTNATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 2:1092743‑M2/54‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:537053‑M2/1‑27 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa < 2:490417‑M2/56‑1 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:249722‑M2/76‑55 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGNTTCAGTATCAATAACCTa < 1:1244413‑M2/60‑1 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAaccataagcgctaacttaagggttgtggtattgcgccagatatgatttaacgtgc > 2:198380‑M2/1‑21 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAcc > 1:1250870‑M2/15‑76 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg > 1:273608‑M2/1‑19 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCNGCAAcccataagcgcttacttaagggttgtgatattacgcctgatatgatttaacgtgccga > 2:1181275‑M2/1‑18 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa < 1:329453‑M2/64‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:82397‑M2/55‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa > 1:82397‑M2/11‑65 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 1:210175‑M2/10‑76 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:421015‑M2/1‑15 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 1:819393‑M2/1‑15 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 1:228706‑M2/76‑62 (MQ=255) cttatgggCCGCANCCCCGGGTGCTGCTNATNGGGATGCGACCTTCAACGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt < 2:1169969‑M2/68‑1 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt < 1:198041‑M2/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa > 2:618506‑M2/1‑14 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:233402‑M2/8‑76 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 1:874067‑M2/76‑64 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtggcgatgaatt < 1:46438‑M2/76‑65 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 1:1153473‑M2/1‑12 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 1:1088026‑M2/1‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:834564‑M2/1‑11 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 1:1077280‑M2/1‑11 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:489685‑M2/1‑11 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac > 2:924765‑M2/1‑10 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct > 2:514883‑M2/1‑7 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc > 1:85602‑M2/1‑6 (MQ=255) cGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctca > 2:920444‑M2/1‑5 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTACTGCGGATGCGACCTTCAAGGCTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCATGGACGTCAt > 2:1039942/1‑76 (MQ=255) aaCCCAGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:775595/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat < 2:521684‑M2/76‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat > 1:437914‑M2/1‑1 (MQ=255) | AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |