| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 43 (1.000) | 34/144 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 38 (0.880) | 31/144 | 0.4 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 | gTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAc > 2:154787‑M2/1‑75 (MQ=255)atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc < 1:341482‑M2/7‑1 (MQ=255)atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 2:735865‑M2/70‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc > 2:1033215‑M2/1‑74 (MQ=255) ctcAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc > 2:1033216‑M2/2‑74 (MQ=255) cgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 1:1154143‑M2/68‑76 (MQ=255) cgtcataacgaggcaccgaggcgtcgcatacttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 2:1412739‑M2/68‑76 (MQ=255) taacgaggcaccaaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt > 2:279005‑M2/63‑76 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 1:1016469‑M2/1‑68 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 2:319606‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc < 1:899315‑M2/76‑10 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 1:1398725‑M2/62‑76 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg < 1:547383‑M2/76‑11 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:1214915‑M2/76‑12 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 2:416470‑M2/18‑1 (MQ=255) aggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctgc > 2:131951‑M2/58‑76 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCNGCAAcccataagcgctaac > 1:1336752‑M2/1‑61 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 2:1152658‑M2/76‑17 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 2:1064411‑M2/1‑60 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCNCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 2:1213719‑M2/76‑18 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:211868‑M2/76‑18 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGAGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:962574‑M2/1‑59 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 2:110538‑M2/23‑1 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 1:887881‑M2/23‑1 (MQ=255) aaTAACGGAACCTATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta > 2:14717‑M2/1‑58 (MQ=255) gaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg > 1:417295‑M2/51‑76 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 1:142066‑M2/27‑1 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCCGGCGCGTTTTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaccttaagg < 1:732816‑M2/76‑22 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg < 1:732827‑M2/76‑22 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg < 1:713684‑M2/76‑23 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgctaatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:133006‑M2/29‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:948772‑M2/32‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:1322570‑M2/32‑1 (MQ=255) ccAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgg < 1:1164677‑M2/76‑29 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacntaagggttgtaga < 1:187491‑M2/76‑30 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:956160‑M2/76‑31 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:1061855‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 1:111813‑M2/37‑1 (MQ=255) aTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtat > 1:840735‑M2/1‑45 (MQ=255) tcttcagatggttcagcccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 1:1376392‑M2/38‑1 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:1026882‑M2/1‑44 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:1067997‑M2/1‑44 (MQ=255) tACCATGCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcgcataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 1:1307328‑M2/1‑44 (MQ=255) attcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:161843‑M2/39‑1 (MQ=255) attcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:692581‑M2/39‑1 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:727497‑M2/34‑76 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 2:1066834‑M2/44‑1 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 1:735865‑M2/46‑1 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAGCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAg < 2:882460‑M2/47‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 2:386875‑M2/76‑43 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGt > 1:842696‑M2/29‑76 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:805957‑M2/1‑32 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc > 1:517063‑M2/26‑76 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTCTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga < 1:105395‑M2/76‑46 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa < 2:624205‑M2/52‑1 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatggtCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAATATCaa > 1:7726‑M2/24‑76 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCaa < 2:640313‑M2/53‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:976714‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:158438‑M2/1‑26 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgttatgatttaacgtg > 1:648294‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:684662‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgactgatatgatttaacgtg < 1:1348790‑M2/76‑55 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa > 1:942942‑M2/17‑76 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 1:733258‑M2/76‑56 (MQ=255) aTGTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc > 2:238530‑M2/1‑21 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat > 2:117980‑M2/1‑17 (MQ=255) gCAACCGGTGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatttgatttaacgtgccgatg > 2:163064‑M2/1‑16 (MQ=255) gCAACCGGGGCCNCAAcccatacgcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg < 1:13213‑M2/76‑61 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg > 1:937358‑M2/1‑16 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 1:744648‑M2/10‑76 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGCGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGCTCAGTTTCAATAACCTACCCAGGt > 1:1349531‑M2/10‑76 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa < 2:1022670‑M2/76‑63 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:1105490‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:450843‑M2/8‑76 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 1:590880‑M2/76‑64 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGNTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAAGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:1355952‑M2/7‑76 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 2:1123462‑M2/1‑12 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg < 1:687684‑M2/72‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCNGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg > 1:19413‑M2/4‑76 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg < 2:651428‑M2/73‑1 (MQ=255) ggNCGCGACCCAGGGTGCTGCTAATACGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAGCTACCCAGGTTCCGGGa < 2:1352910‑M2/74‑1 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAc < 2:670579‑M2/75‑1 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacg < 2:1027438‑M2/76‑74 (MQ=255) cAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacg > 2:126186‑M2/1‑3 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 1:545556‑M2/76‑75 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:1418311/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat > 2:415761‑M2/1‑1 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat > 2:996277‑M2/1‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACNCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 1:1330858/76‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 2:585446/76‑1 (MQ=255) | GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |