| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 41 (1.130) | 31/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 39 (1.070) | 32/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
ATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774128‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524522‑4524596 ATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAAC > 1:954177/1‑76ATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAAC > 2:737093/1‑76 TCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC < 2:624027/76‑1 TCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTCAAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG > 2:105381/1‑76 TAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGg > 2:266534/1‑75 TAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT < 1:960370/76‑1 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG > 1:728785/1‑76 CGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT > 1:659789/1‑76 GAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG < 2:257526/76‑1 AGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC > 1:631197/1‑76 AGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC < 2:548385/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT > 1:647842/1‑76 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT < 2:341523/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT < 2:900231/76‑1 CGAGGCGTCGCATNCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTCATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC < 2:1101448/76‑1 GGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCTGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA < 2:1062904/76‑1 GTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 2:992776/76‑1 GCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC > 1:408282/1‑76 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTATTGCGGATGCGACCTTCA > 1:135364/1‑76 TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG > 2:646912/1‑76 GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTT < 2:264701/76‑1 ataGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTC < 2:331205/73‑1 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTC < 2:554904/76‑1 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAGCTTCAAGGTTCAG < 1:77993/76‑1 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAG < 2:227380/76‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATC > 1:1037721/1‑76 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCA > 1:357228/1‑76 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATA < 1:731871/76‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAA < 2:1164153/76‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAac < 2:367310/76‑3 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATNNGGATGCGACCNNCAAGGTTCAGTATCAATAACCT > 1:1083932/1‑76 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCT < 1:887116/76‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA < 1:429436/76‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA < 2:49229/76‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA < 1:749324/76‑1 AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCA < 1:1006040/76‑1 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGG > 1:773288/1‑76 GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGT > 1:491684/1‑76 GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGT < 1:661691/76‑1 GCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC < 2:887823/76‑1 ATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774128‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524522‑4524596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |