| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 3737289 = | 92 (1.310) | 3 (0.050) | 3/138 | 8.2 | 3.2% | coding (538/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase |
| ? | REL606 | 3737758 = | 97 (1.510) | coding (69/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTC > REL606/3737214‑3737364 | cAGCGCATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt < 1:496002/76‑1 (MQ=255)cAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt > 1:1044956/1‑76 (MQ=255) aGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAtt < 2:1380073/76‑1 (MQ=255) cacaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGa > 1:1108693/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGan < 1:1109138/76‑2 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:1815216/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 1:604998/1‑76 (MQ=255) taagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGcc < 1:4177/76‑1 (MQ=255) aagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCa > 2:1214020/1‑76 (MQ=255) agctgagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg < 1:1336928/76‑1 (MQ=255) agctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAg > 2:1140677/1‑76 (MQ=255) gctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGt < 2:257154/76‑1 (MQ=255) gctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGt < 1:2241672/76‑1 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 2:410119/1‑76 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa < 2:319704/76‑1 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa > 2:1864962/1‑76 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa > 2:502895/1‑76 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa < 2:1385064/76‑1 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa < 2:1594681/76‑1 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 2:761514/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 2:507535/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 2:504104/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa < 2:1660396/76‑1 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 2:2169515/1‑76 (MQ=255) agcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaag < 2:450997/76‑1 (MQ=255) agcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaag < 2:451008/76‑1 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 1:966791/1‑76 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTGTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAGGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa < 1:1582987/76‑1 (MQ=255) ttAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaaa > 1:524235/1‑76 (MQ=255) tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg > 1:454406/1‑76 (MQ=255) aaTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAgg > 2:1914334/1‑76 (MQ=255) aaTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAgg < 1:956715/76‑1 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga < 2:2036071/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg < 1:462435/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg < 1:1584988/76‑1 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat < 1:1115380/76‑1 (MQ=255) tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt > 2:117508/1‑76 (MQ=255) tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt > 1:2189968/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 2:999766/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 2:1878527/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct < 2:2125230/76‑1 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct < 2:1507320/76‑1 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct < 2:1507327/76‑1 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 2:1802696/1‑76 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg < 2:1096061/76‑1 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg < 1:626659/76‑1 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg < 2:569847/76‑1 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 2:1218372/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 2:1913510/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:428911/1‑76 (MQ=255) tgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgct > 2:343698/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg < 2:1878858/76‑1 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg < 2:1650095/76‑1 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 1:489956/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt < 1:1558297/76‑1 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 2:1758994/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt < 2:1496185/76‑1 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 1:449817/1‑76 (MQ=255) ttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttg < 2:540424/76‑1 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 1:920372/1‑76 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt < 1:467955/76‑1 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 2:649862/1‑76 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 2:950475/1‑76 (MQ=255) ctggTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 2:2105190/4‑76 (MQ=255) ctggTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 2:2105178/4‑76 (MQ=255) aTGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTa < 1:33402/76‑1 (MQ=255) aTGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTa < 2:255389/76‑1 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg < 2:1295595/76‑1 (MQ=255) gTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGc < 2:715115/76‑1 (MQ=255) gTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGc < 1:1917699/76‑1 (MQ=255) tCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCg > 2:1873656/1‑76 (MQ=255) cTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGt > 2:749587/1‑76 (MQ=255) aaaGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTgg > 1:1655132/1‑76 (MQ=255) aaaGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTgg > 2:546044/1‑76 (MQ=255) aaGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTggg > 2:854816/1‑76 (MQ=255) aGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGa > 1:1372551/1‑76 (MQ=255) aGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGa > 2:494261/1‑76 (MQ=255) aGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGa < 1:1500026/76‑1 (MQ=255) gTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGaa < 1:755655/76‑1 (MQ=255) tCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAg < 2:106146/76‑1 (MQ=255) tCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAg < 1:1805583/76‑1 (MQ=255) ggATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCt > 2:795320/1‑76 (MQ=255) gATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTg < 2:1961361/76‑1 (MQ=255) aaaTGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGc < 1:1858384/76‑1 (MQ=255) aTGAGAATTGATGCTAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCaa < 2:1209465/76‑1 (MQ=255) aTGAGAATTGAGGCCAGTAAAAAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCaa < 2:940187/76‑1 (MQ=255) tGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAac < 1:345840/76‑1 (MQ=255) tGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAac < 2:631653/76‑1 (MQ=255) tGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAac > 2:1257611/1‑76 (MQ=255) tGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAac < 1:1938293/76‑1 (MQ=255) aaTTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACgg > 2:1998382/1‑76 (MQ=255) aTTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGt > 2:1039279/1‑76 (MQ=255) ttGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTc > 2:118518/1‑76 (MQ=255) ttGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTc < 1:1677997/76‑1 (MQ=255) ttGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTc > 2:2205155/1‑76 (MQ=255) ttGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTc < 2:356759/76‑1 (MQ=255) | CAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAGCGTGGGAAGCTGATAATGCAACACGGTC > REL606/3737214‑3737364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |