| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 1325040 = | 47 (0.670) | 4 (0.070) +TGTTATAACA |
3/130 | 7.9 | 9.0% | intergenic (+29/‑184) | yciQ/yciL | hypothetical protein; b1268_1/23S rRNA pseudouridylate synthase |
| ? | REL606 | 1325040 = | 47 (0.670) | intergenic (+29/‑184) | yciQ/yciL | hypothetical protein; b1268_1/23S rRNA pseudouridylate synthase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGTGCTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAGGCCT > REL606/1324965‑1325115 | gtggtgCTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt < 2:344064/76‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATa > 1:2211768/1‑76 (MQ=255) tGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATa < 1:2125417/76‑1 (MQ=255) gcggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATaaa < 2:111597/76‑1 (MQ=255) gcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGAt < 1:808180/76‑1 (MQ=255) gcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGGGGCTGGTAATTAAGCTGAGGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGAt < 1:2133313/76‑1 (MQ=255) cgcgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGGTAATCGAAACAAGCTGTAACCATAAAGATAgtg < 1:366380/76‑1 (MQ=255) ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTgtagt > 2:1621954/1‑76 (MQ=255) ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTgtagt > 1:1345724/1‑76 (MQ=255) gTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTgtagta > 2:2038522/1‑76 (MQ=255) tGGCGGAGGTGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTAt > 2:857007/1‑76 (MQ=255) tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTAt < 2:1237943/76‑1 (MQ=255) tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTAt < 2:807333/76‑1 (MQ=255) cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCt > 2:392003/1‑76 (MQ=255) gtggtgGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCa > 1:1975700/1‑76 (MQ=255) ggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgcc > 1:1707350/1‑76 (MQ=255) cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccag < 1:1038782/76‑1 (MQ=255) cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccag > 1:1508895/1‑76 (MQ=255) tGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccagg > 2:582799/1‑76 (MQ=255) tAATTAAGCTGATGTCAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccaggcca > 2:2178513/1‑76 (MQ=255) aaTTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccaggccag > 1:1342471/1‑76 (MQ=255) naaGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTa > 1:1336792/2‑76 (MQ=255) aaGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTaa > 1:1591740/1‑76 (MQ=255) aaGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTaa > 2:1120534/1‑76 (MQ=255) aaGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTaa > 2:1034250/1‑76 (MQ=255) cTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAAc < 1:668965/76‑1 (MQ=255) tGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACg > 1:1161103/1‑76 (MQ=255) tGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCg < 2:996424/76‑1 (MQ=255) ttAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAg > 1:1751349/1‑76 (MQ=255) tAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGt < 1:1630744/76‑1 (MQ=255) cGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccaggcc < 1:225069/56‑1 (MQ=255) cGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAgccaggcc > 2:225069/1‑56 (MQ=255) cGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGtt < 2:613462/76‑1 (MQ=255) aaaCAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCTGTTAAATCGTCGAGTCGTTTa < 2:604208/76‑1 (MQ=255) aaaCAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTa > 2:1689984/1‑76 (MQ=255) aCAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACt > 2:765898/1‑76 (MQ=255) aCAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACt > 1:1276478/1‑76 (MQ=255) cAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACtt < 2:752524/76‑1 (MQ=255) aaNCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTa > 2:1586240/1‑76 (MQ=255) aaGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTa < 2:495658/76‑1 (MQ=255) aGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGGCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTaa < 1:1291637/76‑1 (MQ=255) aGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTaa > 1:844401/1‑76 (MQ=255) gCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAg < 2:661734/76‑1 (MQ=255) gCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAg > 1:281509/1‑76 (MQ=255) cTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAgg > 1:2085627/1‑76 (MQ=255) cTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAgg > 1:1093630/1‑76 (MQ=255) tttAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAGGc > 1:914211/1‑76 (MQ=255) tAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAGGCCt < 1:730731/76‑1 (MQ=255) | GTGGTGCTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTTAACCATAAAGATAGTGTAGTATGTTGCGCCTCAAAGCCAGGCCAGTTAAAACGTCGAGTCGTTTACTTAAGGCCT > REL606/1324965‑1325115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |