| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 28 (0.860) | 26/144 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 32 (0.990) | 28/144 | 0.2 | 96.7% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.030) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTT > REL606/2774127‑2774265 | cATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc > 2:325105/1‑76 (MQ=39) cGTCTTAACGANGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcccc > 1:156084/1‑76 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg < 1:190955/76‑1 (MQ=255) cTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgn > 1:924753/1‑75 (MQ=255) cTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc > 2:106048/1‑76 (MQ=255) cTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGCTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACTCCcgc > 1:342721/1‑76 (MQ=255) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg > 2:599670/1‑76 (MQ=255) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt < 2:280109/76‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg < 1:789311/76‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg > 1:805700/1‑76 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg > 2:421934/1‑76 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTa > 2:469838/1‑76 (MQ=255) tcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTaa < 1:50011/76‑1 (MQ=255) tcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTaa > 1:292926/1‑76 (MQ=255) cttcAGATGGATCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTATTCGATTCGTAAg > 1:138445/1‑76 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgag > 1:255642/1‑76 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgaga < 2:711489/76‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGaa > 1:580184/1‑76 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTCCCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAAc < 1:216424/76‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGGGAAc > 1:351263/1‑76 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaa < 1:783915/76‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAAc < 1:61640/76‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAAc > 2:207291/1‑76 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAAc > 2:238807/1‑76 (MQ=255) tAAGTTANCGCTTATGGGTTTGACNCCCGCGTGGTGGCTACNTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCCTAAACTc < 2:959740/76‑1 (MQ=25) gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCNTTAAACTCCAt < 1:153438/76‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCAt < 1:596604/76‑1 (MQ=255) ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGCTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATa > 1:1062469/1‑76 (MQ=255) tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAc < 1:1068342/76‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAcc < 1:318611/76‑1 (MQ=255) gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACg > 2:268503/1‑76 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGtt > 2:355233/1‑76 (MQ=255) | CATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTT > REL606/2774127‑2774265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |