| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2806881 = | 67 (1.070) | 4 (0.110) +TAGAGCGTAACTGCAATGAATTGTGCCCAT |
4/90 | 5.1 | 8.1% | intergenic (+140/+93) | barA/gudD | hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY/(D)‑glucarate dehydratase 1 |
| ? | REL606 | = 3529112 | 85 (1.360) | intergenic (+71/+128) | yhhK/livJ | hypothetical protein/leucine/isoleucine/valine transporter subunit | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGACAGAGC > REL606/2806806‑2806955 | cTGTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCa > 2:1936515/1‑76 (MQ=255) tgtgTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCAt > 2:1456940/1‑76 (MQ=255) tgtgTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCAt > 2:839248/1‑76 (MQ=255) gtgtTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATg < 2:499490/76‑1 (MQ=255) tgtTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGt > 2:1845297/1‑76 (MQ=255) gtTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTa < 1:1167372/76‑1 (MQ=255) gtTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTa > 2:8304/1‑76 (MQ=255) tttATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAg < 1:1165404/76‑1 (MQ=255) ttATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAgg < 1:1025327/76‑1 (MQ=255) ttATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAgg < 1:1641949/76‑1 (MQ=255) tATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGc < 1:969315/76‑1 (MQ=255) aTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGcc > 2:1222865/1‑76 (MQ=255) aTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGcc > 2:1546797/1‑76 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGa < 2:598315/76‑1 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGa < 2:1835354/76‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGAt > 2:543928/1‑76 (MQ=255) cGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGAt > 2:1460898/1‑76 (MQ=255) ggATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATa > 1:1959304/1‑76 (MQ=255) gATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATaa < 2:1377556/76‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAg < 1:426280/76‑1 (MQ=255) tGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGc < 2:1837039/76‑1 (MQ=255) gcggcgTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCg < 1:445001/76‑1 (MQ=255) ggcgTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTa < 2:1414846/76‑1 (MQ=255) gcgTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAg < 2:1221990/76‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgc < 1:265216/76‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgc > 1:1092105/1‑76 (MQ=255) gTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgcg < 1:455583/76‑1 (MQ=255) gTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgcg > 1:1017529/1‑76 (MQ=255) ttAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgcgc > 2:808886/1‑76 (MQ=255) ttAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAgcgc > 2:1380551/1‑76 (MQ=255) tAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCa < 1:1372185/76‑1 (MQ=255) aCGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATc < 1:1939909/76‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATcn < 1:1744942/76‑2 (MQ=255) cGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCa < 2:1959304/76‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCa > 2:1078767/1‑76 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAAAAAATAAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCGGGCa < 2:3632/76‑1 (MQ=37) tATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCaa < 1:1408605/76‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCaa < 2:1846401/76‑1 (MQ=255) tCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAAtt < 2:1436457/76‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAAttt < 2:1918258/76‑1 (MQ=255) cGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAAtttt > 1:891310/1‑76 (MQ=255) cGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGAGAAGCGCATCAGGCAAtttt > 1:1438730/1‑76 (MQ=255) gCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTtgt > 1:933002/1‑76 (MQ=255) tACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGtt > 1:1697127/1‑76 (MQ=255) cAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTg > 2:1736015/1‑76 (MQ=255) cAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTg > 2:829712/1‑76 (MQ=255) cAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTg > 2:1127294/1‑76 (MQ=255) cAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGAAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTg > 2:328152/1‑76 (MQ=255) aaaaCAAATAAAATAAAAAAAATAAAAAAGCATGTGGCCTTGAAAAGCGTAGCGCATCGGGCAATTTTGTGTTTgg < 2:300905/76‑1 (MQ=12) acaaaTAAAATTCAATAAAAAAAAAAGCATGGAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCAt < 2:1895491/73‑1 (MQ=18) aCCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCAt > 1:1235649/1‑76 (MQ=255) ccAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATc > 2:1274654/1‑76 (MQ=255) cAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCa > 1:1908684/1‑76 (MQ=255) aaTAAAATTAAATAAATAAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAg < 2:257773/76‑1 (MQ=18) ttAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGtc > 2:3468/1‑76 (MQ=255) aaaTTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGtctc > 1:976605/1‑76 (MQ=255) aaaTTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGtctc > 2:1051566/1‑76 (MQ=255) cAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAAcc > 2:836713/1‑76 (MQ=255) aaaTTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCt > 2:1742085/1‑76 (MQ=255) aTTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTcc > 2:99665/1‑76 (MQ=255) aaaaaGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGa > 1:62687/1‑76 (MQ=255) aaaaGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGAc > 2:746505/1‑76 (MQ=255) aaaaGCAGTTGGGCTTGATAGGCGTAGCGCATCGGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGAc < 2:340667/76‑1 (MQ=21) aaaGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGGCa > 2:650613/1‑76 (MQ=255) aaaGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCCGACa > 2:893564/1‑76 (MQ=255) cATGTAGGCTTGATAAGCGTGGCGCACCGGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGACAGAGc < 1:932422/76‑1 (MQ=25) cATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGACAGAGc > 2:1324595/1‑76 (MQ=255) | CTGTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCAATTAAATTCAATAAATTAAAAAGCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTTTGTGTTTGGCATCAGTCTCAAACCGGCTCCTGACAGAGC > REL606/2806806‑2806955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |