| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2041054 = | 60 (1.020) | 7 (0.130) | 6/136 | 5.8 | 10.7% | coding (330/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
| ? | REL606 | 2041468 = | 62 (1.170) | coding (1353/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTA > REL606/2041394‑2041537 | tATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATgg < 1:455732/76‑1 (MQ=255)tATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATgg < 1:1729488/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:1644949/76‑1 (MQ=255) ttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCAt > 2:864070/1‑76 (MQ=255) ttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGTTGTATATAATGGCAttt < 1:670703/76‑1 (MQ=255) tttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTta < 1:1286160/76‑1 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 2:1198004/76‑1 (MQ=255) ataAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaata < 2:153219/76‑1 (MQ=255) ataAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaata < 2:153209/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTGTATAATGGCATTTAATaaa < 1:1657979/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa < 1:558622/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa < 1:1311592/76‑1 (MQ=255) gaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAg < 1:1020060/76‑1 (MQ=255) aaaTAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGt > 2:1407265/1‑76 (MQ=255) aaaTAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGt < 1:514345/76‑1 (MQ=255) aaaTAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGt > 2:71048/1‑76 (MQ=255) aataatAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTa < 1:1533464/76‑1 (MQ=255) aataatAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTa < 1:947144/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat > 2:174672/1‑76 (MQ=255) ataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAata < 1:410116/76‑1 (MQ=255) aGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatt > 2:1589922/1‑76 (MQ=255) aGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAACAGTAAatatt > 2:1589907/1‑76 (MQ=255) gTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatta > 2:1862119/1‑76 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 2:943237/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 1:1179338/76‑1 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTGATAAAATAGTAAatattata < 1:1247499/76‑1 (MQ=255) aTAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattatat < 1:1309673/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:825059/76‑1 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 2:874237/1‑76 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat < 1:49532/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 1:1028593/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 1:1028615/76‑1 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata < 2:645713/76‑1 (MQ=255) tttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaataa > 2:1719939/1‑76 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa > 2:1670941/1‑76 (MQ=255) cTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAgg < 1:1841381/76‑1 (MQ=255) tttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGt < 1:912226/76‑1 (MQ=255) tttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGt < 1:912234/76‑1 (MQ=255) tttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGt < 1:1427262/76‑1 (MQ=255) ttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGtt < 1:1710341/76‑1 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc < 1:1472044/76‑1 (MQ=255) gTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTcc < 2:1260981/76‑1 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt < 1:1183724/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 2:107101/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:1699631/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 1:926209/76‑1 (MQ=255) aaTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACtt < 2:201790/76‑1 (MQ=255) aaTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACtt < 1:682468/76‑1 (MQ=255) cGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAttt > 2:347916/1‑76 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:844844/76‑1 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:844828/76‑1 (MQ=255) aaTTAGTGTGATGTTTATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCa > 1:1483316/1‑76 (MQ=255) aaTTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCa < 2:1436658/76‑1 (MQ=255) aaTTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCa < 1:1049753/76‑1 (MQ=255) tgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATAGTTATTTCATTTataat > 2:1664073/1‑76 (MQ=255) tgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataat > 2:1664055/1‑76 (MQ=255) gATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataata > 1:1444449/1‑76 (MQ=255) aTGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat < 1:680688/76‑1 (MQ=255) aTGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAatat < 2:680688/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAAtata > 1:1436597/1‑76 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATGTTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:371072/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:1723806/76‑1 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:371056/76‑1 (MQ=255) tataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTa > 1:220306/1‑76 (MQ=255) tataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTa > 1:220280/1‑76 (MQ=255) | TATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTA > REL606/2041394‑2041537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |