| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 130 (2.210) | 78/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 108 (1.840) | 67/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774126‑2774271 | gCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTa < 1:853704/76‑1 (MQ=38) cATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc > 2:1175073/1‑76 (MQ=39) gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc > 1:1148499/1‑76 (MQ=255) gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc < 2:1107112/76‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg > 1:1277492/1‑76 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg < 1:333212/76‑1 (MQ=255) ttAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCATTAAGTTATCGCTTTGGGGTTTTACCTCagcg > 2:726706/1‑76 (MQ=11) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt > 1:278377/1‑76 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt > 2:1521550/1‑76 (MQ=255) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg > 2:1946399/1‑76 (MQ=255) aGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg < 2:1043329/76‑1 (MQ=255) cACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa < 1:701799/76‑1 (MQ=255) aGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct > 1:133064/1‑76 (MQ=255) aGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct < 2:1475177/76‑1 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt < 2:227458/76‑1 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt < 2:74779/76‑1 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt > 1:529480/1‑76 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt < 2:935614/76‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGGGGCTActtctttg > 1:721527/1‑74 (MQ=255) cGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAtt > 1:1543722/1‑76 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc > 1:262561/1‑76 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg > 1:953867/1‑76 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg > 1:953870/1‑76 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg < 2:1775867/76‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGt < 1:1859484/76‑1 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGc < 2:354012/76‑1 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGc < 2:82332/76‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGaa < 1:1936873/76‑1 (MQ=255) ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACt > 2:949897/1‑76 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGGGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCtt > 1:922305/1‑76 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTa > 2:844496/1‑76 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTa < 1:1336886/76‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAACGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaaa > 1:1749852/1‑76 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAAc < 1:1643046/76‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACt > 2:491668/1‑76 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTa > 2:1548341/1‑71 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTa < 1:1548341/71‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTc > 2:1328718/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTcc > 1:240671/1‑76 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCa > 1:1295302/1‑76 (MQ=255) ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATa < 1:824236/76‑1 (MQ=255) tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAc > 1:482349/1‑76 (MQ=255) cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCAc > 1:1108191/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 2:1456508/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 1:706875/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 1:1233864/1‑76 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGtt < 2:826909/76‑1 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGtt < 2:859615/76‑1 (MQ=255) aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtct < 1:1943018/76‑1 (MQ=255) aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtct > 1:98062/1‑76 (MQ=255) gggTTTTACCGACGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGGAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTctct < 1:203658/76‑1 (MQ=255) gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTctct < 1:648806/76‑1 (MQ=255) ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTg < 2:81578/76‑1 (MQ=255) gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGa > 2:498035/1‑76 (MQ=255) | GCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774126‑2774271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |